基于克隆测序技术的人类白细胞抗原基因高分辨率分型方法的建立

邢晓清　初亚男　项铮　宋沁馨　周国华

摘要运用优化的扩增和克隆测序技术，建立了人类白细胞抗原（HLAB）基因的高分辨率分型方法。针对HLAB基因保守区序列设计引物进行等位基因扩增，基于质粒不相容原理将杂合型等位基因有效克隆入质粒DNA中，经细菌培养后进行Sanger测序，根据测序结果经ClustalX2软件分析和IMTG/HLA数据库的BLAST比对即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法对7例临床样本进行了HLAB基因分型，并且与第三方直接碱基序列分析基因分型技术（PCRSBT）进行比对，结果完全一致。本方法无需专业分型软件，准确度高，成本低；采用通用引物进行等位基因的扩增和测序，无需传统方法中繁琐的引物设计和过程优化，实现了HLAB基因的高分辨率分型。关键词人类白细胞抗原B基因； 克隆测序技术； Sanger测序； 高分辨率基因分型

1引言

人类白细胞抗原（Human leukocyte antigen，HLA）是由一系列紧密连锁的基因座位所组成的具有高度多态性的复合体，是机体免疫系统的重要组成部分，在机体的抗原呈递和免疫应答中发挥重要作用，与人类疾病的发生、发展和预后密切相关。HLAB基因位于6号染色体短臂6p21.3区域，该基因的多态性非常复杂且主要位于第2和第3号外显子，第2和第3号外显子的总长度约550 bp左右，目前已发现的近千种基因型绝大多数是基于第2和第3号外显子的多态性进行分型的。

摘要运用优化的扩增和克隆测序技术，建立了人类白细胞抗原（HLAB）基因的高分辨率分型方法。针对HLAB基因保守区序列设计引物进行等位基因扩增，基于质粒不相容原理将杂合型等位基因有效克隆入质粒DNA中，经细菌培养后进行Sanger测序，根据测序结果经ClustalX2软件分析和IMTG/HLA数据库的BLAST比对即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法对7例临床样本进行了HLAB基因分型，并且与第三方直接碱基序列分析基因分型技术（PCRSBT）进行比对，结果完全一致。本方法无需专业分型软件，准确度高，成本低；采用通用引物进行等位基因的扩增和测序，无需传统方法中繁琐的引物设计和过程优化，实现了HLAB基因的高分辨率分型。关键词人类白细胞抗原B基因； 克隆测序技术； Sanger测序； 高分辨率基因分型

1引言

人类白细胞抗原（Human leukocyte antigen，HLA）是由一系列紧密连锁的基因座位所组成的具有高度多态性的复合体，是机体免疫系统的重要组成部分，在机体的抗原呈递和免疫应答中发挥重要作用，与人类疾病的发生、发展和预后密切相关。HLAB基因位于6号染色体短臂6p21.3区域，该基因的多态性非常复杂且主要位于第2和第3号外显子，第2和第3号外显子的总长度约550 bp左右，目前已发现的近千种基因型绝大多数是基于第2和第3号外显子的多态性进行分型的。

摘要运用优化的扩增和克隆测序技术，建立了人类白细胞抗原（HLAB）基因的高分辨率分型方法。针对HLAB基因保守区序列设计引物进行等位基因扩增，基于质粒不相容原理将杂合型等位基因有效克隆入质粒DNA中，经细菌培养后进行Sanger测序，根据测序结果经ClustalX2软件分析和IMTG/HLA数据库的BLAST比对即可完成HLAB基因的高分辨率分型。利用建立的方法对7例临床样本进行了HLAB基因分型，并且与第三方直接碱基序列分析基因分型技术（PCRSBT）进行比对，结果完全一致。本方法无需专业分型软件，准确度高，成本低；采用通用引物进行等位基因的扩增和测序，无需传统方法中繁琐的引物设计和过程优化，实现了HLAB基因的高分辨率分型。关键词人类白细胞抗原B基因； 克隆测序技术； Sanger测序； 高分辨率基因分型

1引言

人类白细胞抗原（Human leukocyte antigen，HLA）是由一系列紧密连锁的基因座位所组成的具有高度多态性的复合体，是机体免疫系统的重要组成部分，在机体的抗原呈递和免疫应答中发挥重要作用，与人类疾病的发生、发展和预后密切相关。HLAB基因位于6号染色体短臂6p21.3区域，该基因的多态性非常复杂且主要位于第2和第3号外显子，第2和第3号外显子的总长度约550 bp左右，目前已发现的近千种基因型绝大多数是基于第2和第3号外显子的多态性进行分型的。