长链非编码RNA与肿瘤的研究进展

2015-01-25 07:54高逸冰,程文,高建平
中国老年学杂志 2015年7期
关键词:长链磷酸化前列腺癌

长链非编码RNA与肿瘤的研究进展

高逸冰程文高建平

(南京军区南京总医院泌尿外科,江苏南京210002)

关键词〔〕长链非编码RNA;肿瘤

中图分类号〔〕R73〔文献标识码〕A〔

通讯作者:高建平(1953-),男,主任医师,硕士生导师,主要从事泌尿外科学研究。

第一作者:高逸冰(1987-),男,硕士,主要从事泌尿外科学研究。

中心法则认为遗传信息被储存在能够编码蛋白质的基因中〔1〕,长链非编码RNA是一种长度大于200个核苷酸、但不具备编码蛋白质功能的基因转录产物〔2~4〕。先前的大部分研究仅仅发现非编码RNA(ncRNA)拥有一些结构功能,但近些年来RNA领域的一些研究开始挑战先前对ncRNA的一些认识〔3,5~11〕,LncRNA在肿瘤发生、发展过程中起到重要作用。

在一般情况下人类常染色体中几乎每一对核苷酸对都会发生转录现象〔12〕。但是能够稳定存在的信使RNA(mRNA)不超过2%,其余绝大部分都是ncRNA。当前关于ncRNA的分类有2种常用方法:根据表达特点及功能分为组成型和调节型非编码RNA;根据所含碱基量多少,分为长链非编码RNA(LncRNA)和小分子非编码RNA(如piRNA、microRNA、siRNA等)。在人体内从数量上看大部分ncRNA是LncRNA。LncRNA编码基因可以位于编码mRNA外显子或者内含子基因中,也可以位于编码mRNA基因之间的序列。很多LncRNA与mRNA有许多相似甚至完全重复的碱基序列,同时基因组中“转录热点”常常既转录mRNA又转录LncRNA,编码蛋白质的两条链中任意一条都可以转录LncRNA〔12〕,同一个蛋白质编码基因可以转录出不同的mRNA或者是LncRNA。一部分mRNA和LncRNA可以由外显子通过剪切组合而成,并且可以在3’末端添加多聚腺苷酸。一些研究已经发现许多LncRNA的表达具有时间及空间特异性,这说明LncRNA的表达被精确调控的〔13,14〕。LncRNA已经被纳入基因调节链之中,如翻译过程、转录后基因沉默、位置效应、混合发育不全等〔15~17〕。

1长链非编码RNA与基因调节

LncRNA可以通过多种途径调节基因的表达。①LncRNA可以通过干扰转录因子与启动子结合、诱导蛋白修饰、促进染色体重构等多种方式直接抑制临近基因表达〔18,19〕。②LncRNA可以通过与靶蛋白结合影响基因表达,如LncRNA可以募集聚梳(PcG)蛋白、胸板(TrxG)蛋白至靶基因,影响靶基因的表达〔20〕。一种被命名为AIR的长链非编码RNA通过募集组蛋白甲基转移酶G9a使启动子区组蛋白甲基化,造成相应基因沉默〔21,22〕。③LncRNA可以通过与蛋白结合或调节蛋白的亚细胞位置影响蛋白活性,如RNA结合蛋白TLS与由细胞周期蛋白(CCN)D1启动子转录而来的LncRNA结合后,抑制CREB结合蛋白(CBP)及组蛋白乙酰转移酶P300活性,从而阻断CCND1转录〔22〕。④LncRNA结合转录抑制复合物后抑制肿瘤形成的作用,亦是P53基因抑癌机制之一〔23〕。

INK4b/ARF/INK4a是一组被证明与很多肿瘤有关的抑癌基因〔24,25〕,INK4b编码P15蛋白;INK4a编码P16蛋白,P15与P16基因与细胞周期分化有密切关系。而ARF蛋白通过促进小鼠双微体基因(MDM)2癌基因产物降解,参与激活细胞凋亡通路及细胞周期阻滞。一种名为ANRIL(antisense LncRNA of the INK4 locus)长度约为30~40 kb的反义LncRNA对INK4b/ARF/INK4a这一区域有作用〔26〕,并且与INK4a表观遗传学沉默有关。Kotake等〔27〕ANRIL可以被Polycomb抑制复合物2(PRC2)募集,并沉默P15基因。最近的一项研究表明:LncRNA 调节INK4a转录抑制〔28〕。ANRIL被证明和CBX7(Pc/Chromobox 7)蛋白相互影响,而CBX7是PRC1(polycomb repressive complex 1)家族的成员之一。肿瘤组织ANRIL与CBX7水平均有不同程度的上调并且与INK4a水平下降有密切关系,同时结构分析表明CBX7残端与ANRIL之间有直接作用,CBX7残端突变将会选择性中断RNA与PRC1之间的结合,并且抑制INK4b/ARF/INK4a基因并阻止细胞衰老〔28〕。

在哺乳动物中,可以通过X染色体失活(XCI)抑制一条染色体的转录,达到基因数目在不同性别间的平衡〔29〕。控制XCI的区域称为X染色体去活化中心(Xic),分布着大量的非编码RNA。控制XCI的一个经典的非编码RNA为Xist,其转录产物可以在X染色体上招募形成大量的抑制性复合物,以顺式作用方式促进X染色体的失活。Xist的反义RNA-Tsix是一个抑制的Xist抑制因子。Tian等〔30〕发现Xic区编码的长链非编码RNA JPX可以作为Xist的激活子,JPX在XCI过程中表达上调,敲除JPX会阻断XCI的发生,转录后干扰JPX同样会干扰XCI。同时,敲除Tsix可以恢复JPX缺陷引起的XCI抑制,这说明两者之间存在某种拮抗关系。进一步支持了LncRNA参与等位基因或位点特异性调控的观点。

P53是一重要抑癌基因, Huarte等〔31〕发现干扰LincRNA-P21后会使原本被P53抑制的数百个基因活化,证明其在P53依赖转录反应的信号通路中发挥抑制子的作用。LincRNA-P21干扰后能增强细胞活力,而对细胞周期无影响,过表达的LincRNA-P21会减少细胞活力,促进细胞凋亡。通过生物素标记的LincRNA-P21做RNA敲除实验,经质谱鉴定该特异性蛋白为不均一蛋白KhnRNP-K,并发现LincRNA-P21的5’端778个核苷酸可以与hnRNP-K结合。当DNA受到损伤时,P53结合到LincRNA-P21的启动子区,活化转录LincRNA-P21,该RNA与KhnRNP-K结合后能特异性地结合到目的基因的启动子区,导致这些基因的转录受阻,从而引起细胞凋亡,维持细胞基因组完整性。此外,一种被命名为PANDA的LncRNA被发现,PANDA是CDKN1A启动子的产物,可以与转录因子NF-YA作用,限制促凋亡基因的活动,并且通过实验证实,在阿霉素的作用下,PANDA可以明显促进成纤维细胞凋亡〔32〕。

2长链非编码RNA与女性生殖系统肿瘤

一种基因间长链RNA(LincRNA)——HOTAIR与乳腺癌及大肠癌有密切关系,HOXC基因座位转录的HOTAIR在乳腺原位癌及转移癌中表达均有不同程度上调。HOTAIR靶向于抑制性复合体2(PRC2,包含EZH2、SUZ12和EED)与HOXD家族基因启动子结合,抑制后者转录,同时HOXD基因座的侧翼基因组区域能结合另外一个CoR-EST/REST(包含LSD1)抑制性复合体。HOTAIR可以同时结合PRC2和LSD1两个复合体,并且介导该两复合物到特异性的基因组位点,使该处染色体的H3K27发生三甲基化和H3K4去甲基化,从而使染色体处于封闭状态〔18,33~35〕。

早在1999年,Etienne Leygue已发现孕激素受体(PR)+/雌激素受体(ER)+的乳腺癌肿瘤细胞类固醇受体激活因子(SRA)水平与PR-/ER-的乳腺癌肿瘤相似,但是相较于PR-/ER+或者PR+/ER-的患者SRA水平显著降低。而后续研究进一步发现〔36,37〕:SRA可以调节类固醇受体和其他转录因子表达水平及调节类固醇受体RNA激活蛋白(SRAP)的表达。两种基因之间平衡由内含子-1 (intron-1)的剪切调控,影响SRAP的阅读框。在乳腺癌细胞中均可以发现完全拼接的SRAP编码子和含有内含子-1的SRA-RNAs。相对于SRAP编码子,非蛋白编码子SRA-intron-1呈现出高表达趋势(P<0.003)〔36〕。伴随这种改变一些重要的基因表达也相应受到影响:如尿激酶型纤溶酶原激活物、雌激素受体及抗肿瘤转移NME1基因等〔25〕。这说明SRA转录子之间的平衡不仅可以区分肿瘤类型,而且还可能影响了乳腺癌发生和发展中特定基因的表达〔38,39〕。

而在卵巢癌的研究中,Leticia等〔40〕发现了5个新的在卵巢癌中特异性表达基因,并将它们命名为人卵巢癌特异性转录子(HOSTs),可以作为新的卵巢癌诊断及治疗靶点。

3长链非编码RNA与泌尿系统肿瘤

前列腺癌是男性泌尿生殖系统的常见肿瘤,Marion等〔41,42〕的实验表明前列腺癌抗原(PCA)3基因在前列腺癌组织中的表达明显高于癌旁组织。该基因定位于人类常染色体9q21~22,全长约25 kb,由4个外显子和3个内含子组成。由于没有长的开放阅读框,且含有高密度终止密码子,因而无蛋白质表达,所以目前认为其是一种ncRNA 。由于在其他正常和恶性组织中均未表达,因而研究推断它不仅可以作为前列腺癌的一项诊断指标,也可作为前列腺癌治疗的潜在靶点, PCA3可以作为是否行穿刺活检独立的判断标准〔43〕。

Fu等〔44〕发现一种名为前列腺癌基因表达标志物(PCGEM1)的LncRNA在美国黑人的前列腺癌中的过量表达导致了癌细胞的增殖和克隆形成,Ifere等〔45〕也认为PCGEM1可能是未来前列腺癌诊断中比PSA更好的一种潜在肿瘤标志物。一种名为UCA-1在膀胱癌细胞及胚胎细胞中高表达,并且有可能在膀胱癌发生发展过程中具有重要作用。

4长链非编码RNA与消化系统肿瘤

Pibouin等〔46〕在肠癌中发现了一种长链非编码RNA:结肠癌过表达基因(OCC)-1,实验中发现相对于正常的黏膜组织,肿瘤组织中OCC-1 mRNA表达水平明显升高。

研究显示LncRNA与肝癌发生关系密切,肺腺癌转移相关转录本(MALAT)-1、肝癌高表达转录本和H19LncRNA在正常肝细胞含量极低,肝癌发生时明显上升。Wang等〔47〕发现HULC可以作为“microRNA海绵”在转录水平调节基因表达,当其缺失后多个肝癌相关基因表达明显下降。当蛋白激酶A在cAMP影响下活化,自身调节亚基和催化亚基分离,其中催化亚基PRKCAB从细胞质被转运到细胞核,使cAMP反应区结合蛋白(CREB)转录子磷酸化。磷酸化的CREB结合到HULC募集组蛋白乙酰基化酶,有利于RNA聚合酶Ⅱ与染色质结合从而激活HULC基因转录。转录出的LncRNA像内源性的“microRNA海绵”,特异性与microRNA结合并降低其表达和活性。 并且HULC已经被证实在肝癌及肠癌肝转移的组织中存在特异性高表达〔48,49〕。李丹等〔50〕在HepG2肝癌细胞中还发现HULC对邻近基因SLC35B3的表达有影响,通过siRNA干扰HULC的表达,SLC35B3的表达也下降了40%左右,而过表达HULC对SLC35B3的表达却没有很大影响。

5长链非编码RNA与呼吸系统肿瘤

Ji等〔51,52〕发现225例Ⅲ期非小细胞肺癌(NSCLC)患者中,70例发生转移患者的转移病灶标本中有MALAT-1特异性过表达。同时近期2个实验证实MALAT-1缺失引起SR剪切子上一个重要部分脱磷酸化,改变SR蛋白磷酸化和脱磷酸化比例,影响SR剪切因子在核小点区和转录部位间的分布,对mRNA前体进行不同形式的剪切;连续的脱磷酸化及磷酸化造成SR蛋白活性变化,影响mRNA前体的去向。同时,MALAT-1还可以通过与多嘧啶序列结合蛋白(PTB)相关剪切因子(PSF)结合,抑制PSF蛋白与原癌基因转录调节区结合,原癌基因大量转录诱发肿瘤〔53〕。Schmidt等〔54〕对352例NSCLC标本进行检测后发现,MALAT-1高表达的病人预后不佳,提示MALAT-1和thymosinβ4基因可以作为Ⅰ期NSCLC患者生存时间的潜在标志物。

6长链非编码RNA与其他肿瘤

在横纹肌肉瘤(RMS)发现了一种名为NCRMS的新基因,该基因在肺泡亚型中的表达相较于胚胎亚型明显增加,但是编码蛋白质能力有限。His-1基因可以在白血病小鼠中激活转录活,但是在小鼠白血病病灶及脉络丛癌中可以被检测出不正常激活可能会导致癌症发生。人类B细胞淋巴瘤中发现一种新内含子snoRNA基因——U50HG,该基因可以转录U50和U50’snoRNA,并且U50HG拥有一条核苷尿苷异构化通道,主要作用于调控细胞生长。

综上,在漫长的人类进化过程中,LncRNA被赋予了复杂的结构,同时有包含了大量遗传信息。通过与DNA、RNA、蛋白质之间的相互作用,LncRNA在生命活动调控网络中扮演着重要角色。但目前我们对LncRNA的了解还相当局限,许多基因不仅仅在一种肿瘤中表达,而同一肿瘤不仅仅有一种LncRNA出现表达上调。相当多的问题还亟待解决,如LncRNA的分布范围及作用机制是什么? microRNA已被证明与肿瘤有密切联系〔55~57〕,而小分子与LncRNA是否有联系?LncRNA的研究才刚刚开始,随着科学技术的不断发展,尤其是基因芯片技术的广泛应用,将推动人们对LncRNA功能和结构的认识,并将其与细胞分化、组织发育和疾病演化联系起来,并有可能成为新的肿瘤诊断和治疗的靶点,对人类攻克肿瘤做出贡献。

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〔2013-12-17修回〕

(编辑苑云杰/张慧)

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