基于改进pix2pixHD 模型的COVID-19 CT 图像生成方法研究

2023-05-24 09:06高志军冀远明史二美
智能计算机与应用 2023年5期
关键词:鉴别器相似性残差

高志军,冀远明,史二美

(黑龙江科技大学 计算机与信息工程学院,哈尔滨 150022)

0 引言

2019 新型冠状病毒(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)是一个大型病毒家族,具有高传染性。人感染了冠状病毒后常见体征有呼吸道症状、发热、咳嗽、气促和呼吸困难等。在较严重病例中,感染可导致肺炎、严重急性呼吸综合征、肾衰竭、甚至死亡。

电子计算机断层扫描(Computed Tomography,CT)是利用X 线束对人体的某一部位进行连续的断面扫描,CT 检查与以往的X 线相比,具有分辨率高、检查速度快、检查安全等特点,已成为医生对COVID-19 患者进行准确诊断和跟踪治疗的重要辅助工具之一。为了准确和快速地实现对COVID-19患者的智能检测,基于深度学习和计算机视觉的COVID-19 患者CT 图像病变检测已成为相关学者的研究热点。

对于深度学习网络模型来说,数据集的规模和数目将很大程度影响最终训练效果的好坏[1]。但是,在计算机辅助诊断领域中,由于涉及到患者隐私,研究者很难获取到大量的医学图像数据集,而且由于疾病的高传染性,医务人员在收集COVID-19 CT 数据时面临着高风险[2]。其次,因缺乏可用于数据标记的专家,对采用监督训练方法提出了另一个挑战。增加训练样本的传统方法包括缩放、旋转、翻转、平移和弹性变形,然而这些转换并未考虑由不同成像协议或序列引起的变化,更不用说尺寸、形状、位置的变化和特定病理的出现。

近年来,基于深度学习的计算机视觉方法在医学图像生成中显示出巨大的应用前景,许多学者提出了具有潜力的新模型。如:Jiang Y 等[3]提出的具有条件生成对抗网络的COVID-19 CT 图像生成;Zhou L 等[4]提出的肺部自动交换编码器,对COVID-19 CT 图像进行生成等。

但是,目前提出的COVID-19 CT 图像生成模型均存在生成质量不高、病变区域不明显、模型泛化能力不强等问题。为此,本文提出了一种基于pix2pixHD[5]的CT 图像生成方法,该方法可以生成高质量的COVID-19 CT 图像,在性能上优于现有的COVID-19 CT 图像生成方法。可以达到扩充数据集,提升病变识别模型的准确性和泛化能力的作用。

1 方法

1.1 pix2pixHD 模型

pix2pixHD 是一个CGAN[6]框架,由生成器(G)和鉴别器(D)组成,用于图像到图像的翻译。生成器的目标是将标签映射到真实的图像上,而鉴别器的目标是将真实图像和翻译后的图像区分开来。

pix2pixHD 采用了多尺度鉴别器,多尺度鉴别器由原始图像、原始图像的1/2 下采样和原始图像的1/4 下采样3 个尺度组成。其多尺度的鉴别器目标函数可表示为

具体来说,pix2pixHD 从鉴别器的多个层中提取特征,并学习从真实图像和生成图像中匹配这些中间表示。为了便于表示,本文将鉴别器Dk的第i层特征提取器表示为(从输入到Dk的第i层)。pix2pixHD 通过极大极小博弈,对给定标签映射的真实图像的条件分布进行建模,其特征匹配损失LFM(G,Dk)计算为

其中,T是总层数;Ni表示每层中的元素数;s表示标签映射;x表示真实图像。

最终目标函数将GAN损失和特征匹配损失结合为

1.2 空间自适应归一化模型

空间自适应归一化(Spatially -Adaptive Normalization,SPADE)[7]模型是一 个条件归一 化层,其通过空间自适应及学习的变换,使用输入语义布局来调制激活,并可以在整个网络中有效地传播语义信息。此方法中首先生成一列学习好的数据分布,然后通过一层一层的SPADE ResBlk 堆叠而成,feature map 尺寸由小到大,通道数由大到小来生成最终的真实图像。而在每一层SPADE ResBlk 中,不断地加入语义分割图片来进行干预,使网络在每一层都能学习到多尺度的语义信息。

SPADE 残差块是一个类似于ResNet[8]残差块的结构,除了具有ReLU 激活函数和3×3 的卷积以外,还会用标签信息和SPADE 方式取代一次卷积,提升了残差块的运行速度,也可以时刻保持与真实标签的距离,提升模型的准确度。

1.3 改进的pix2pixHD 模型

COVID-19 CT 图像生成的主要目标是要获得高质量、高分辨率的COVID-19 CT 图像。为了提升图像质量和分辨率,本文对pix2pixHD 网络进行了两点改进。首先对pix2pixHD 网络引入了更多尺度的辨别器进行均值判别,使生成图像的边界更为清晰,之后在生成器的上采样阶段,引入SPADE 残差块,生成器包含一系列带有上采样层的SPADE 残差块,以获得更好的性能。改进的pix2pixHD 模型主要流程如图1 所示。

图1 改进的pix2pixHD 模型的主要网络框架Fig.1 Overall framework of the improved pix2pixHD

1.3.1 SPADE 残差块

受SPADE 模型的启发,本文在上采样层加入SPADE 残差块,能够更好的提升图像质量,使用SPADE 学习所有归一化层的调制参数。由于每个残差块以不同的比例运行,因此本文对语义掩码进行下采样,以匹配空间分辨率。如图2 所示,在上采样阶段加入SPADE 残差快,在不改变损失函数的情况下,使图像质量有所提升。其可以更好地保留针对常见归一化层的语义信息。

图2 改进的pix2pixHD 模型的生成器网络结构Fig.2 Generator framework of the improved pix2pixHD

同时,本文使用LReLU 激活函数替换了原本的ReLU 激活函数,主要是为了进一步缓解梯度消失的问题,SPADE 残差块具体流程如图3 所示。

图3 SPADE 残差块结构Fig.3 The framework of the SPADE residual block

1.3.2 引入多尺度辨别器

鉴别器结构采用了pix2pixHD 的多尺度判别器。虽然鉴别器的结构是相同的,但尺度最大的鉴别器接受域最大,其具有更全局的图像视图,可以指导生成器生成全局一致的图像,而尺度最小的判别器鼓励生成器生成更细的细节。本文引入1/8 下采样鉴别器,使图像细节更为清晰,生成图像质量更好。新的多尺度的鉴别器损失函数可表示为

本文完整目标函数将GAN损失和特征匹配损失结合为

其中,λ作为控制这两项的重要性的参数。对于特征匹配损失LFM,Dk仅用作特征提取器,不会最大化损失LFM。

输入层为卷积核数目为64、大小为4×4、步长为2 的卷积层,卷积操作后使用Leaky ReLU 激活函数。输出层为卷积核数目为1、大小为4×4、步长为1 的卷积层,卷积操作后使用Sigmoid 激活函数。中间包括4 个下采样操作,每次操作之后通道数目会加倍,下采样操作的卷积核为4×4,步长为2 的卷积层,卷积操作后使用BN 层加快学习速率,激活函数采用Leaky ReLU 函数。如图4 所示。

图4 多尺度鉴别器结构Fig.4 Multi-scale discriminator framework of the improved pix2pixHD

综上所述,本文所提出的算法流程如下:

算法本文提出的算法流程

2 实验及结果

2.1 数据集

本文使用的数据集是20 例诊断为COVID-19患者的CT 扫描图像,且专家对肺部和感染区域进行了分割标注[9]。大小为630×630×310,有病图占正常图比例的52.86%。该数据集是公开数据集中少有的带有专家标注的数据集,附有Ma Jun、Ge Cheng、Wang Yixin、An Xingle 等专家的标注。

2.2 实验设置

本文使用了cycleGAN[10]、pix2pix[11]、styleGAN[12]和pix2pixHD 作为本方法的对比方法,将数据集分割为630×630 的二维图像,去除边界没有肺部轮廓的图像后,得到517 张图像。在训练过程中,本文将450 张图像作为训练集,50 张作为验证集,剩余的17 张作为测试集,并将图像分辨率扩大到1 024×1 024,通过对测试集进行评价得出实验结论。

pix2pixHD 模型在Pytorch 框架上使用Adam 优化器[13]进行训练,初始学习率为0.000 2,前100 次周期的学习率相同,在接下来的100 次周期里线性下降到0。权值初始化为均值为0,标准差为0.02的高斯分布。

本文的实验平台为NVIDIA Tesla V100 16 GB及32 GB 内存的服务器,Linux 系统,python 版本为3.8,pytorch 版本为1.11,CUDA 版本为11.3。

2.3 评价指标

本文采用常见的评估方法,对每个模型生成的结果使用同一个分割模型DeepLabV2[14],并比较预测的分割区域与专家标注的匹配程度。如果输出图像是真实的,则训练的语义分割模型应该能够预测专家标注结果。实验中使用平均交并比(MIoU)和像素精度(Accu)去评价分割区域与专家标注的匹配程度。除MIoU和Accu分割性能指标外,还使用Fr'echet 初始距离[15](FID)来测量生成结果分布与真实图像分布之间的距离,使用峰值信噪比(PSNR)和结构相似性(SSIM)来评价图像的生成质量。

2.3.1 峰值信噪比(PSNR)

峰值信噪比是用来衡量两张图像差异的指标,一般通过均方误差(MSE)进行定义。若有两个m×n单色图像I和K,两张图像噪声近似的情况下,则两者的均方误差定义为

峰值信噪则定义为

其中,MAXI表示的是图像点颜色的最大数值,PSNR越大则表示图像越清晰,噪声越小。

2.3.2 结构相似性(SSIM)

结构相似性是一种衡量两幅图像相似度的指标,相似性越高则表明图像生成与原图越接近。给定两个图像,其结构相似性可表示为

其中,μx、μy分别代表图像x、y的像素灰度平均值;分别代表图像x、y的像素方差;σxσy表示图 像x、y的协方差;c1、c2是用来维持稳定的常数。

2.3.3 Fr'echet 初始距离(FID)

Fr'echet Inception 距离(FID)是评估生成图像质量的度量标准,专门用于评估生成对抗网络的性能。该分数作为对已有Inception 分数(IS)的改进而被提出。由于Inception 分数缺少生成图像与真实图像的比较,而研发FID分数的目的是基于一组生成图像的统计量与来自目标域的真实图像的统计量进行比较,实现对生成图像的评估。FID值越低,图像质量越好;反之,得分越高,质量越差,两者关系应该是线性的。计算公式可表示为

其中,x表示真实图像;g表示生成图像;tr表示矩阵对角线上元素总和;μ和σ的含义为用Inception V3 来提取中间层的特征,然后使用一个均值为μ,方差为σ的正态分布去模拟这些特征的分布。较低的FID意味着生成样本和真实样本的相关性越高,即图像质量也会越高。

DeepLabV2[15]提出使用空洞卷积进行密集采样,在不增加参数量或计算量的情况下有效地扩大感受野,然后扩展空洞卷积提出了ASPP 来捕获多个尺度的上下文,最后利用条件随机场(CRF)进行后处理以提高边缘定位精度。

DeepLabV2 是现在较为准确且流行的分割算法,大量的GAN 模型使用其作为评价指标的一环,将生成结果分割后进行后续的平均交并比和像素精度评价具有很好的评价能力。

2.3.4 平均交并比(MIoU)

平均交并比(MIoU)是衡量图像分割精度的重要指标,其计算两个集合的交集和并集之比,在语义分割的问题中,这两个集合为真实值和预测值。计算公式可表示为

其中,P代表预测值;G代表真实值;MIoU越高则意味着分割越准确。

2.3.5 像素精度(Accu)

像素精度即预测正确的像素占所有像素的比例。像素精度是图像分割的最简单指标,其是正确分类的总像素除以总像素,可以理解为图像中正确分类像素的百分比。计算公式可表示为

其中,R代表预测准确的像素数,而A代表图像中全部的像素数。同样,Accu越高则意味着分割结果越准确。

2.4 实验结果

在同一数据集上,利用本文方法与pix2pixHD模型、pix2pix 模型、cycleGAN 和styleGAN 等4 个语义图像生成模型进行实验比较,得出的峰值信噪比、结构相似性、FID、平均交并比和像素精度指标结果见表1。

表1 各模型图像评价指标对比表Tab.1 Comparison of image evaluation indexes of each model

从表1 中可知,本文方法在COVID-19 数据集上生成的图像具有更高的峰值信噪比和结构相似性,分别达到了12.46 和0.327,说明该模型具有更高的图像质量;MIoU达到了31.79,Accu达到了77.68,高于其它对比模型(由于styleGAN 是无标签生成,所以不适用此分析)。可见,分割后依然能与标签取得较好的匹配,说明实验结果取得了更好的分割精度,对后续训练分割或分类模型可以更好的起到扩充数据集,提升模型准确度的作用。同时在FID上,本文模型达到了57.4,较其它方法有显著性的提升,具有更好的图像多样性。

在生成的图像细节与特点上,本文提出的方法也能有效提升图像细节,生成的图像结果如图5 所示:

图5 本文方法与其他对比方法实验结果图Fig.5 Experimental results of the improved pix2pixHD method and other comparative methods

由图5 中可以发现,cycleGAN 生成的图像边界混乱,没有现实意义;pix2pix 和pix2pixHD 模型虽然具有清晰的肺部轮廓,但是对于病灶区域的生成并不明显;styleGAN 模型生成的图像虽然较为模糊,分辨率明显较低;而本文方法生成的图像边界清晰,毛玻璃区域明显且准确,具有良好的现实意义,可以起到扩充数据集,提升分割模型的训练精度,最终达到辅助医生诊断的效果。

2.4.1 图像质量评价

本文将通过峰值信噪比和结构相似性对生成图像的质量进行评价,通过对本文方法和对比模型在每20 次迭代时,对测试集PSNR进行统计,结果如图6 所示。

图6 各模型的峰值信噪比迭代对比图Fig.6 Iterative comparison diagram of peak signal-to-noise ratio of each model

从图6 中可知,提出的模型在峰值信噪比上有较大提升,不仅在质量上高于其他模型,其收敛速度也有显著提升。本方法在该数据集上生成的图像峰值信噪比可以达到12.46,高于pix2pixHD、pix2pix等模型。

本文对图像的结构相似性(SSIM)进行了评价。通过对本文方法和对比模型在每20 次迭代对测试集SSIM进行统计,结果如图7 所示:

图7 各模型的结构相似性迭代对比图Fig.7 Iterative comparison diagram of structural similarity of each model

从图7 中可知,本文所提出的模型对比其它方法具有更高的结构相似性,说明生成的图像对比真实图像具有较高的相似性。对比pix2pixHD 模型失真程度更小,可以更好的保留图像的像素特点。

2.4.2 相关性和多样性评估

本文使用Fr'echet Inception 距离,对生成图像和真实图像进行相关性和多样性的定量评估,实验结果如图8 所示。

图8 模型的Fr'echet Inception 距离迭代对比图Fig.8 Iterative comparison diagram of FID of each model

通过图8 可以看出:提出的模型具有更低的FID,而且可以更快的达到收敛。本文模型取得了更好的相关性和多样性。对比pix2pixHD 有所提高,对比其它方法也具有明显的优势。

2.4.3 图像细节分析

除了在图像量化指标上的提高,本方法生成的图像细节也有所提升,图像细节对比如图9 所示。

图9 生成图像细节分析图Fig.9 Detail analysis diagram of the generated image

从图9 中可以明显发现,本文方法生成的图片可以在病变区域与正常区域看到明显的边界,而pix2pixHD 模型边界较为模糊,几乎看不出病变区域边界,使得生成的图像现实意义不大,在后续的分割、分类任务中无法起到提升泛化能力的作用。

2.4.4 改进消融实验

为了证实加入SPADE 残差块和1/8 尺度鉴别器的效果,本文将模型与pix2pixHD、仅加入残差块和仅加入鉴别器的模型进行消融实验,在各项指标上进行比较,实验结果见表2。

表2 改进消融实验对比表Tab.2 Comparison table of improvement experiment

从表2 中可知,PSNR和SSIM在加入SPADE残差块后有显著升高,表现了SPADE 残差块在pix2pixHD 模型中提升图像质量的显著作用;但在MIoU和Accu上并没有显著提升,说明SPADE 残差块对图像细节提升并不明显,DeepLabV2 模型并没有办法更准确的分割出病灶区域。但加入1/8 尺度鉴别器可以提升图像细节部分,使MIoU与acc指标得到提升,与SPADE 残差块形成很好的补充,最终使得生成的图像与细节同时得到提升。

本文同时对加入每个模块的PSNR和SSIM进行了迭代统计,结果如图10、图11 所示。加入了SPADE 残差块的pix2pixHD 模型,对模型收敛速度也有着显著提升,而未使用SPADE 残差块的情况,提前约20 轮达到收敛。

图10 消融实验的峰值信噪比迭代对比图Fig.10 Iterative comparison diagram of the peak signal-to-noise ratio of improved experiment

图11 消融实验的结构相似性迭代对比图Fig.11 Iterative comparison diagram of structural similarity of improved experiment

3 结束语

为了解决COVID-19 CT 图像生成质量不高,边界不清晰,病灶区域不明显的问题,本文提出了一个改进的pix2pixHD 模型。该网络通过改进鉴别器数量和生成器残差块的方式,提升了生成图像的质量与细节。与pix2pixHD 相比,利用SPADE 残差块补充了上采样过程中的信息损失,减少了图像失真。实验结果表明,文中提出的方法在COVID-19 CT 图像数据集上对于生成图像的质量、多样性、相似性、匹配度上都有显著性提升,可以有效解决COVID-19 CT 图像较少的情况。

在后续的研究中,模型还有进一步提高的潜力,可在生成器部分使用更多样的特征提取方式或引入更高效鉴别器,以提升模型的性能。同时研究高效的分割模型,最终使生成的图像能够提升模型性能,使医生可以得到合理的诊断建议。

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