转录组
- 不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测
含量并对其进行转录组测序（RNA-Seq），筛选绵羊脂肪沉积相关的差异表达miRNA。结果表明，滩羊肌内脂肪含量显著高于杜泊羊，极显著高于小尾寒羊；杜泊羊肌内脂肪含量显著高于小尾寒羊。转录组测序质量良好。3个品种绵羊共鉴定到134个已知miRNA和153个预测miRNA，这些 miRNA的长度主要介于21～23 nt，且首位碱基对U碱基具有明显偏好性。以P ≤0.05和|log2FC|>1（FC为差异倍数）為筛选条件，3个比较组共获得42个差异表达miRN
江苏农业学报 2023年7期2023-12-13
- 基于表型组和转录组数据研究光对烟草早期幼苗发育的影响
在此基础上采用转录组学研究了其发育第4天基因表达网络差异。结果表明，光下种子发芽势和发芽率提高约30%，子叶开口长增加约2 cm，而下胚轴长度缩短约2 cm。在早期幼苗发育阶段有551个基因差异表达受光诱导，其中364个表达上调，187个表达下调。551个基因中有28个在蛋白水平存在互作关系，其中包括、、等15个上调表达基因和、和等13个下调表达基因。GO富集表明，这28个DEGs主要与光合作用、光系统、植物激素响应有关。综上所述，本研究解析了烟草早期幼苗
中国烟草科学 2023年5期2023-12-03
- 珍珠芦荟白化苗的转录组分析
芦荟；白化苗；转录组；光合作用；基因表达中图分类号：Q943.2 文献标识码：A植物叶色白化是植物叶色突变的常见类型，在植物界普遍存在，目前已在拟南芥（Arabidopsisthaliana）、玉米（ Zea mays） 、荔枝（ Litchichinensis）、大麦（Hordeum vulgare）、水稻（Oryzasativa）、兰花（Cymbidium ssp.）等众多植物中发现叶片白化现象[1-7]。叶色白化产生的内在原因主要与叶绿素含量降低，光
热带作物学报 2023年9期2023-11-11
- EMS诱导红阳猕猴桃耐寒突变体的筛选及转录组分析
突变体，并通过转录组分析探究其胁迫响应机制。该研究以红阳猕猴桃叶片为实验材料，在组培时（4.4 g·L-1 MS+4.5 g·L-1 琼脂+1.5 mg·L-1 6-BA+0.1 mg·L-1 NAA+15 g·L-1蔗糖+0.01～0.10 g·L-1 EMS）利用EMS诱导技术诱导突变体，并在低温环境下筛选出耐寒突变体。选出的耐寒突变体和正常红阳猕猴桃组培苗先进行4 ℃ 12 h寒胁迫处理，再进行转录组测序分析。结果表明：（1）通过初步的表型鉴定，当E
广西植物 2023年9期2023-11-01
- 基于转录组测序的红萍SSR和SNP特征分析
浓度胁迫下红萍转录组中SSR、SNP分子标记的详细情况，分析转录组数据中分布的SSR和SNP位点。通过提取红萍根和叶的RNA，构建cDNA文库并利用二代测序平台进行高通量测序，利用MISA对测序数据进行SSR特征分析，同时采用软件STAR进行比对并通过GATK进行SNP识别。结果表明：红萍转录组共有9 009个SSR位点，SSR位点频率为30.12%。其中，以三核苷酸重复和单核苷酸重复为主，分别占总比例的43.66%和26.41%。SNP位点有439 21
福建农业科技 2023年6期2023-10-10
- 基于滇黄精转录组序列的SSR标记开发及其在黄精属资源分析中的应用
研究基于滇黃精转录组序列开发简单重复序列（SSR）标记并将其应用于黄精属资源分析。设计合成了45对SSR引物，经PCR扩增验证，选择其中20对SSR引物对75份黄精属资源进行分析。结果表明，共在46 416个Unigene中检出含有二核苷酸～六核苷酸重复类型的SSR位点60 238个，序列SSR发生频率为22.78%，平均分布距离约7.07 kb；SSR位点中的主导类型是二核苷酸和三核苷酸重复，分别占50.06%和34.89%。测试的45对SSR引物中有3
江苏农业学报 2023年5期2023-09-19
- 药用植物滇黄精种植研究进展
种；病害防治；转录组中图分类号 ：R285.5 文献标志码 ：A 文章编号 ：1007-2349（2023）08-0093-05滇黄精（ Polygonatum kingianum Coll.et Hemsl.），又称为节节高、马尾根、牛尾巴薯、仙人饭 ［1］。滇黄精具滋阴、健脾润肺、益肾的功效，用于治疗气虚、肺虚燥咳、精血不足等，又是数十种滋补性中医复方或中成药的重要组分，自古被民间及医药学家所重视 ［2-4］。滇黄精还是《中国药典》（
云南中医中药杂志 2023年8期2023-09-08
- 基于全基因组鉴定华石斛优良内参基因
利用之前华石斛转录组数据，筛选出164 个变异系数低（CV≤0.2）和表达量中等（TPM 在10～300之间）的候选内参基因。为了避免共表达现象对内参基因稳定性分析的影响，根据GO 功能聚类分析结果，从不同的功能群中共筛选出24 个候选基因。为避免模板中可能残留的基因组DNA 在RT-qPCR 扩增过程中产生假阳性，本研究设计了跨越内含子引物，并通过电泳筛选出符合要求的15 个候选内参基因的扩增引物。为了确保RT-qPCR 扩增的特异性，使用LightCy
热带作物学报 2023年7期2023-08-14
- 大白菜叶片响应菌核病侵染的转录组分析
白菜；菌核病；转录组；差异表达基因中图分类号：S436.341.1 文獻标识码：A大白菜（Brassica campestris syn. rapa L. ssp.pekinensis）原产中国，属于十字花科芸薹属，是我国栽培面积最大的蔬菜作物之一。大白菜菌核病是由核盘菌[Sclerotinia sclerotiorum （Lib.） deBary]引起的一种具有土传性的真菌病害，主要危害叶片和茎秆。近年来大白菜菌核病呈逐年上升趋势，在福建省，每年12—4
热带作物学报 2023年6期2023-07-20
- 基于高通量测序的建兰转录组信息分析
要：为获得建兰转录组信息，以花发育3个时期为研究对象，进行转录组测序、组装、注释及差异基因分析。结果表明：共获得120.86 Gb clean reads，组装得到56804个Unigenes，平均长度为1502 bp，其中34324条Unigenes获得注释，占所有Unigene的60.43%。33908条Unigenes在NR数据库中得到注释，与石斛的匹配度最高；18459条Unigene被注释到GO数据库中的50个分支；在KEGG中共注释到13145
福建农业科技 2023年3期2023-06-15
- 碱地番茄果实相关性状变化及差异表达基因分析
品种。同时利用转录组测序技术对响应不同土壤栽培条件的果实品质相关差异基因进行分析，以期为在碱性土壤下种植高品质番茄提供理论依据。研究结果如下：碱性土壤对番茄的株高、茎粗和果实产量均有明显的抑制作用；碱性土壤条件下，番茄果实的可溶性固形物、可溶性糖、有机酸、维生素C等含量均明显提高，其中维生素C含量较正常土壤高出31.98%～99.58%。番茄各品种中草莓2号的产量和果实品质较好。取优质的番茄品种草莓2号，在正常土壤和碱性土壤栽培条件下的果肉和果胶，进行转录
江苏农业科学 2023年9期2023-06-04
- 基于CiteSpace的国内植物转录组研究文献计量分析
白玉娥摘要转录组研究是发掘功能基因的重要途径之一，是基因功能及结构研究的基础和出发点。利用CiteSpace信息可视化软件对CNKI数据库中2000—2021年1302篇植物转录组研究文献的研究机构、作者、关键词等内容进行分析，结果表明：我国植物转录组研究发文量呈现3个阶段，发文量整体呈上升趋势；发文作者、研究机构主要集中在高校和科研院所，存在的合作关系较少。基于转录组测序技术进行的分子标记、功能注释、不同条件下基因差异表达、代谢通路成为研究热点。功能
防护林科技 2023年3期2023-05-30
- 虱螨脲对棉铃虫叶酸一碳库代谢途径的影响
3龄幼虫，通过转录组测序、叶酸含量测定、叶酸饲喂试验和分子对接技术分析了虱螨脲对棉铃虫叶酸一碳库代谢途径的影响。结果表明，棉铃虫幼虫差异基因数量随虱螨脲处理后时间的延长而增多，主要富集在叶酸一碳库、氧化还原活性、几丁质结合、氨基酸合成、嘌呤合成与代谢以及离子跨膜运输等途径上，其中叶酸一碳库代谢通路在处理后0.5 h极显著富集（P=6.35×10-5）。棉铃虫幼虫的叶酸含量随着虱螨脲处理后时间的延长而显著降低，处理后24 h叶酸含量为4.53 μg/100
植物保护 2023年2期2023-05-30
- 雪胆属转录组的EST-SSR分子标记开发
雪胆2个种进行转录组测序，检测SSR位点并设计引物，通过PCR扩增和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性，并分析种间和种内遗传多样性。［结果］从200对引物中筛选出6对具有高多态性的引物，每对引物检测到的等位基因数5～8个，平均值6.333 3个。有效等位基因（Ne）为2.480 7～4.982 8个，平均值3.760 8个。多态信息含量（PIC）为0.549 5～0.758 3，平均值0.672 9。遗传多样性分析显示，种间和种内居群均存在明显的遗传分化。
安徽农业科学 2023年9期2023-05-29
- 橄榄果实转录组SSR和SNP/InDel位点特征
关键词：橄榄；转录组；简单重复序列；单核苷酸多态性；插入缺失标记中图分类号：S667.5 文献标识码：A橄榄（Canarium album）是我国热带亚热带地区特色果树，其果实富含多种营养和药用成分，在我国福建、广东、四川、广西等地区广泛栽培。福州市是我国橄榄最主要的产地之一，“福州橄榄”品牌于2011 年获得农业部地理标志保护品牌，2017 年品牌价值评估达20.80 亿元人民币，入选全国农产品百强[1]。福州市传统栽培的橄榄品种主要包括长营、惠圆、檀香
热带作物学报 2023年4期2023-05-16
- 黑翅土白蚁工蚁和兵蚁转录组测序比较及表达分析
蚁和兵蚁进行了转录组测序分析，了解不同品级的转录组特征，丰富白蚁转录组数据信息，为探明黑翅土白蚁品级分化的分子机制打下基础。经过测序获得质量值高于20的碱基比例（Q20）均不低于98%的数据，所有reads组装成65 604个Unigenes，平均长度337.78 bp;将所得序列注释到NR、NT、KOG、GO和KEGG等数据库进行比对，所得Unigenes均被注释。兵蚁与工蚁差异基因的上调基因有与能量代谢及蛋白质翻译有关，下调相关基因有与能量运输相关，差
天津农业科学 2022年6期2022-07-19
- 高温胁迫下萝卜苗期的转录组分析
下萝卜幼苗进行转录组测序分析，筛选不同耐热性萝卜品种间的差异表达基因，为阐明萝卜幼苗响应高温胁迫的分子机制提供理论参考。【方法】以耐热萝卜品种1116T和热敏感萝卜品种Wr129为对象，对其进行高温（40 ℃）胁迫处理0（常温，对照）和24 h，提取各时间点样品总RNA进行转录组测序，以|log2Fold Change|≥1，Pv/Fm）和总叶绿素含量均下降，但1116T的下降幅度较小。【结论】Wr129和1116T的耐热性存在明显差异，其原因是1116T
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 1-MCP和SO2保鲜剂处理阳光玫瑰葡萄的转录组学分析
实分别取样开展转录组学分析，通过实时荧光定量PCR结果证实转录组测序结果的可靠性。【结果】从对照和2种保鲜剂处理的转录组测序结果中共获得371.64 Gb的原始数据，各样品Clean data均达6.03 Gb，GC含量为46.28%～47.53%，Q30≥93.50%，与葡萄参考基因组的匹配率为75.75%～90.23%。1-MCP处理与对照的差异表达基因数在贮藏后13周达最高值，而SO2处理与对照及SO2处理与1-MCP处理的差异表达基因数在贮藏后5周
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 基于高通量测序的带鱼肌肉组织转录组微卫星信息分析
鱼肌肉组织进行转录组测序，从海量数据中查找微卫星（SSR）位点并进行生物信息学分析，为科学制定带鱼种质资源保护对策和管理措施提供参考依据。【方法】基于Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台对采自浙江舟山近海的带鱼肌肉组织进行转录组测序，经FastQC和Trimmomatic进行数据质量评估和过滤后，使用Trinity组装、去冗余得到Unigenes，再运用Micro-Satellite（MISA）挖掘SSR信息，并以Excel 2010计
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 水稻幼苗响应褐飞虱和稻瘿蚊的转录组分析
苗表型，并通过转录组测序技术分别对褐飞虱接入后24 h和稻瘿蚊接入后7 d的水稻幼苗进行转录组测序。以水稻日本晴基因组作为参考基因组进行对比，利用FPKM法计算基因表达量，设定参数（|log2FC|>1且P关键词： 水稻;褐飞虱;稻瘿蚊;转录组中图分类号： S435.112 文献标志码： A 文章编号：2095-1191（2022）03-0628-13Transcriptome analysis of rice
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 青花菜花蕾转录组测序分析及蜡粉合成相关基因挖掘
青花菜花蕾进行转录组测序分析，并挖掘与蜡粉合成相关基因，为探明青花菜花球表面蜡粉形成的分子机制提供理论参考。【方法】分别提取野生型和蜡粉缺失型青花菜花球总RNA，采用Illumina HiSeqTM2500平台进行转录组测序，获得高质量Clean reads，采用Trinity进行序列组装后获得青花菜Unigene库，将获得的Unigene序列与Nr、Nt、KEGG、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot和GO数据库比对，获得基因功能注释信息;使用
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 海马齿根系响应盐胁迫的转录组分析
海马齿根系进行转录组测序分析，挖掘海马齿根系耐盐相关基因，为揭示海马齿耐盐的分子机制提供参考。【方法】利用Illumina测序技术对0 mmol/L NaCl（对照组）和400 mmol/L NaCl胁迫处理（盐胁迫处理组）下的海马齿根系进行转录组测序分析，从中筛选出差异表达基因，选取13个基因进行实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测，以验证转录组数据的可靠性。【结果】在海马齿根系转录组中共鉴定出305145个转录本，平均长度为622 bp，其中，对照
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 不同桑树品种响应干旱胁迫的比较转录组学分析
析。【结果】经转录组测序，各样本的Clean reads范围为45723096～67280168条，有效碱基数（Clean bases）集中在6.86～10.09 Gb，GC含量在44.84%～46.48%（平均为45.61%），Q30在90.36%～93.07%。差异表达基因（DEGs）筛选结果显示，6个差异分组（A2 vs A1，B2 vs B1，A3 vs A1，B3 vs B1，A4 vs A1，B4 vs B1）分别筛选出3510、3399、56
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 柴胡转录组SSR的分布及序列特征分析
材料，经高通量转录组测序后，使用Trinity对测序结果进行de novo组装，并利用MISA对组装得到的Unigenes进行SSR位点搜索，最后统计分析SSR的分布及序列特征。【结果】从转录组数据组装获得244194条Unigenes，其N50值为1036 bp，平均长度791 bp，总长度193138105 bp。从Unigenes序列中共检测到50303个SSR位点，去除20405个复合型SSR位点，以29898个单一型SSR位点为后续分析对象。转录
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 基于转录组测序技术分析愈创木酚对禾谷镰刀菌的抑菌机制
长，本研究利用转录组测序分析愈创木酚对禾谷镰刀菌的作用机制，采用RNA-Seq技术从转录组水平分析禾谷镰刀菌在0.4 μl/ml愈创木酚胁迫下的响应机制。结果显示，共筛选到905个差异表达基因表达量发生了变化，其中表达量上调的基因为464個，表达量下调的基因为441个。差异表达基因的COG、GO及Pathway功能分析发现，愈创木酚影响禾谷镰刀菌氧化应激反应、膜组分及离子运输途径。表明，愈创木酚处理后，禾谷镰刀菌的细胞膜完整性受到了破坏，Ca2+运输途径受
江苏农业学报 2022年2期2022-05-16
- 水稻紫色颖壳突变体的转录组分析
6000高通量转录组学（RNA-Seq）技术对其自交获得的突变型、正常型及野生型进行转录组测序研究。结果表明：突变型（ME）与野生型（F8）相比上調基因5108个、下调基因4288个，自交分离正常表型（PD）与野生型（F8）相比上调基因4653个、下调基因4397个，自交分离正常表型（PD）与突变型（ME）相比上调基因2078个、下调基因2829。GO功能富集分析表明水解酶活性类基因差异表达变化显著;KEGG Pathway分析结果表明，与野生型相比，在类
福建农业科技 2022年2期2022-04-27
- 基于转录组的不同火龙果品种抗性差异分析
）两个品种进行转录组测序分析，并参考GO Ontology、KEGG等公共数据库对差异表达基因进行功能分类与富集分析。结果表明：（1） BR与EY共有14 248个差异基因，其中5 446个基因上调，8 802个基因下调。（2） 相关GO功能分析表明这些差异基因主要参与酶催化活性、细胞组分、代谢过程等，其中参与氧化还原酶活性的349个差异基因在BR中表达量上调。（3）KEGG通路分析显示，大部分差异基因富集在新陈代谢和生物合成等，其中参与角质、木栓质和蜡质
广西植物 2022年2期2022-03-16
- 制干辣椒果实辣椒素对干旱、盐及其双重胁迫的响应
量，并送样进行转录组测序。结果表明，W1处理下辣椒素含量较对照增加107.11%，W2处理时辣椒素含量下降73.01%;含盐处理均能提高辣椒素含量，其中W2S1处理的较对照高392%。盐、旱胁迫主要影响苯丙烷生物合成途径，其中HCT、4CL、CAD等基因表达受影响较大;聚类分析表明BCKDHE2、ENRb等基因主要响应干旱胁迫，CCR、GS2 主要响应盐胁迫。由上可知，适度干旱和盐胁迫均能提高辣椒素含量;干旱加剧时与盐分的复合效应更显著，对辣椒素积累的促进
中国瓜菜 2022年2期2022-03-12
- 基于转录组学的川芎嗪改善增生性瘢痕机制研究
[目的]基于转录组学分析川芎嗪治疗增生性瘢痕的分子机制。 [方法]获取临床手术的增生性瘢痕组织，利用组织块培养法培养分离瘢痕成纤维细胞，分为对照组和川芎嗪组（10 mg/mL）。采用转录组学测序技术及 GO、KEGG 通路富集分析，研究增生性瘢痕成纤维细胞各基因的表达。 [结果]转录组学分析结果得到川芎嗪参与调控2 783个差异基因，GO及 KEGG 通路富集分析显示以上基因主要富集于DNA复制，细胞周期，类固醇生物合成错配修复，p53信号通路，蛋白质的
安徽农业科学 2021年23期2021-12-18
- 基于转录组测序的椰心叶甲啮小蜂SSR、SNP和InDel位点分析
寄生蜂，分析其转录组序列中的SSR、SNP和InDel位点信息，可以为开发新的分子标记，深入研究其遗传多样性、种群遗传结构和历史动态等提供数据支撑。本研究基于转录组数据，利用MISA软件和Varscan软件对Unigene进行SSR、SNP和InDel位点进行搜索。在11 802條Unigene中共获得29 754个SSR位点，平均每1.72 kb含有1个SSR位点，发生率为39.96%。SSR片段为10～382 bp，长度具有显著差异，平均长度为23.9
热带作物学报 2021年10期2021-12-08
- 水稻苗期高温RNA-SEQ分析
利用水稻苗期转录组数据，分析在高温处理条件下不同时间段基因表达水平变化，筛选出可能参与高温热害的基因。LOC_Os04g04970、LOC_Os03g15960和LOC_Os03g51459，其在受到热处理1 h的表达水平显著上调，随着热处理的时间延长，其表达水平逐渐降低，可能与热处理相关。该研究可为进一步揭示水稻苗期高温热害分子生物学研究提供参考。關键词 水稻;苗期;高温胁迫;转录组中图分类号 S 511 文献标识码 A文章编号 0517-6611（
安徽农业科学 2021年20期2021-11-25
- 荔枝蝽 Tessaratoma papillosa卵黄原蛋白及受体的序列及时空表达分析
。【方法】采用转录组测序的方法，对荔枝蝽小同发育时期及组织进行转录组测序。通过筛选荔枝蝽的转录组数据和分子克隆的方法获得荔枝蝽卵黄原蛋白及其受体基因，并利用实时荧光定量PCR（ qRT-PCR）分析其在小同发育阶段和组织部位的时空表达情况。【结果】获得荔枝蝽3个卵黄原蛋白基因（Tpapi Vgl，Tpopi Vg2，Tpapi Vg3）和1个卵黄原受体蛋白基因（Tpapi_VgRs）。对4个基因进行分析，发现其均具有典型的保守结构域，是典型的昆虫Vg和Vg
福建农业学报 2021年7期2021-11-12
- 基于转录组测序的芒果过敏原基因鉴定及表达分析
果果实和叶片的转录组测序结果，筛选出潜在过敏原基因，并分析其在不同组织中的表达模式，为选育低过敏性的芒果品种提供理论依据。【方法】提取芒果果实和叶片总RNA，构建cDNA文库，利用Illumina HiSeq 4000进行转录组测序（测序读长为150 bp），从原始数据中筛选获得Clean reads，并利用Trinity进行组装，得到Unigenes，将其提交至NR数据库和Pfam数据库进行功能注释，从而筛选潜在的过敏原基因。通过实时荧光定量PCR （q
南方农业学报 2021年7期2021-11-03
- 转录组数据挖掘技术在单萜生物合成相关基因分析中的应用
之效。关键词：转录组;数据挖掘;东紫苏单萜生物合成;相关基因引言紫苏主要分为9种化学型，主要依据紫苏醛、柠檬烯、紫苏酮、异白苏烯酮、紫苏烯、香薷酮等单萜的百分含量变化进行划分。由此可见化学型的划分主要是依据主成分含量的变化规律，因此本研究根据东紫苏叶挥发油主成分1，8-桉叶油醇、α-乙酸松油酯及α-蒎烯、β-蒎烯含量的变化规律来划分化学型是合理的。1东紫苏的概述东紫苏（ElsholtizabodinieriVaniot）又名凤尾茶、小山茶、云松茶、牙刷草、
科技信息·学术版 2021年14期2021-10-21
- 甘蔗NBS-LRR类抗梢腐病基因的筛选及定量表达分析
mina高通量转录组测序技术检测高抗梢腐病品种‘粤糖94-128和高感梢腐病品种‘桂糖37号接种前后NBS-LRR类抗梢腐病基因的表达情况，然后设计引物对显著差异表达基因进行不同接种时期下的荧光定量PCR验证。结果表明，16个NBS-LRR类基因在甘蔗叶片受到梢腐病菌侵染后持续上调表达，但表达趋势存在两种情况，13个基因在诱导后7 d显著或极显著上调表达，3个基因在诱导7 d后上调表达不显著，在诱导14 d后才显著上调表达。据此可将其分为瞬时基础防御基因（
植物保护 2021年5期2021-10-12
- 盐胁迫下垂穗披碱草叶片转录组差异表达分析
披碱草叶片进行转录组测序。结果表明，共获得转录本序列数量为462 235条，经过注释分析获得单基因序列数量229 597条，这些差异基因涉及氨基酸的合成和代谢、淀粉和蔗糖代谢、类黄酮生物合成、碳代谢和植物激素信号传导等途径，可作为研究垂穗披碱草盐胁迫响应主要研究机制。荧光定量PCR（qRT-PCR）验证表明，挑选的7个差异表达基因的表达趋势与测序结果相一致，说明测序结果准确可靠。本研究测序结果为垂穗披碱草的基因功能分析、分子标记开发和遗传多样性研究提供了理
江苏农业科学 2021年18期2021-09-28
- 水稻响应热胁迫核心基因的筛选与鉴定
迫条件下的水稻转录组数据，通过HTSeq和DESeq软件筛选差异表达基因;对其进行功能富集和构建蛋白质互作网络，鉴定最重要模块中的核心基因。结果显示：水稻热胁迫0 h、1 h、6 h和12 h条件下，共有278个差异表达基因，生物学过程主要富集在刺激反应和蛋白质折叠上;鉴定出含有12个基因的重要模块.基因表达模式显示重要模块中7个核心基因受热胁迫诱导上调，推测这7个核心基因在水稻响应热胁迫过程中发挥关键作用。关键词： 水稻;高温胁迫;核心基因;转录组中图分
江苏农业学报 2021年4期2021-09-17
- 拟环纹豹蛛转录组数据SSR序列特征分析
基于拟环纹豹蛛转录组数据，使用微卫星鉴定工具软件（MISA） 挖掘和分析其简单序列重复（SSR）位点。结果表明：拟环纹豹蛛转录组Unigene序列中共检测到6474个SSR位点，平均长度为12.36 bp，分布于4411条Unigene上。单核苷酸重复类型为拟环纹豹蛛转录组SSR位点的主导基序类型，共5025个，占总SSR位点的77.62%;在拟环纹豹蛛转录组序列识别的6474个SSR中共发现了53种重复基元，从单核苷酸到五核苷酸重复基元分别有2种、6种、
山地农业生物学报 2021年4期2021-09-13
- 西藏大花红景天EST-SSR开发及通用性分析
ISA软件筛选转录组测序获得的48 790条unigene，开发EST-SSR（表达序列标签-微卫星序列）并对其通用性进行分析，以期为红景天属物种的遗传多样性研究和分子标记辅助育种奠定基础。结果表明，共检测出10 761个SSR位点，分布于8 973条unigene中，分布频率为22.06%，平均分布距离为4.725 kb。优势重复基序以单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸为主，其中单核苷酸重复单元以基序A/T为主，共7 167个，二核苷酸重复单元以AG/CT为主
江苏农业科学 2021年11期2021-07-26
- 软腐病菌侵染下菜心叶片的转录组分析
病菌侵染下菜心转录组功能基因信息，采用BGISEQ-500高通量测序技术对软腐病菌侵染下菜心叶片进行转录组测序，平均每个样获得47.27 M clean reads，Q20值均大于95%，共检测到表达的Unigene为36 760个，其中已知的有35 327个，预测新Unigene有1 433个;共检测出19 549个新转录本，其长度主要集中在300～2000 nt。功能注释结果显示，有32 047个Unigene在Nr数据库获得注释，其中注释到芸薹属白菜
热带作物学报 2021年5期2021-07-20
- 水稻幼穗响应盐胁迫的转录组分析
的幼穗，并进行转录组测序研究。结果发现，以0 h的幼穗为对照，58M品系在盐胁迫6 h后检测到表达上调基因1483个，下调基因1085个;盐胁迫24 h后上调基因937个，下调基因459个。58L品系在盐胁迫6 h后有931个基因上调，2614个下调基因;盐胁迫24 h后有930个基因上调，1299个下调基因。通过韦恩图分析发现，盐胁迫6 h后有178个基因在58M品系中上调，在58L中下调;盐胁迫24 h后有30个基因在58M品系中上调，在58L中下调。
热带作物学报 2021年5期2021-07-20
- 寄生蜂转录组学研究进展
关键词寄生蜂;转录组;研究进展在所有昆虫种类中，寄生性昆虫约占20%左右，已知的寄生蜂种类超10万种。寄生蜂分为外寄生和内寄生两类，外寄生是指寄生蜂把卵产在寄主体表，幼虫孵化后从体表摄取寄主营养;内寄生是把卵产在寄主体内，幼虫孵化后取食寄主体内的组织。有些寄生蜂可以导致寄主种群大量个体死亡，因此应用寄生蜂来防治害虫在实际生产中得到了广泛应用。寄生蜂的应用价值使得人们不满足于对其生物学特性的研究，而是研究越来越深入，逐渐转向分子机理的研究。尽管新一代测序技术
植物保护 2021年2期2021-04-30
- 玉米自交系响应高温、干旱胁迫的关键基因及通路
的苗期植株进行转录组测序。玉米自交系响应高温和干旱胁迫的差异表达基因（DEGs）分别为6 966和6 272个，在高温和干旱胁迫下4个玉米自交系相同的DEGs分别是705和871个。同时响应高温和干旱的DEGs有100个。在耐旱、耐热性强的玉米自交系中鉴定出18个特异的DEGs，其中锌指转录因子、WRKY转录因子、GT转录因子和B2热激转录因子在胁迫响应中发挥关键的调控作用。KEGG通路分析结果表明，耐旱、耐热性强玉米自交响应高温干旱胁迫的DEGs富集在生
江苏农业学报 2021年1期2021-03-25
- 番红花多柱头突变体Cs5的转录组分析
柱头;突变体;转录组中图分类号：S567.23+9文献标识码：A文章编号：1000-4440（2021）06-1630-03Transcriptome analysis of saffron mutant Cs5 with multiple stigmasLI Jun1，WU Ji-ming2，GAO Guang-chun2，ZHU Zhi-ming3，LI Bai4，JIANG Qi2，ZHOU Hong-yu2（1. School of Modern
江苏农业学报 2021年6期2021-01-29
- 香樟转录组基因密码子偏好性分析
BI网站中香樟转录组数据为材料，利用生物信息学手段评价转录组数据质量，选取高质量数据的转录组，去除低质量序列，组装转录组，预测基因结构，再利用自编perl脚本提取以AUG开头的基因序列37 Mb序列34 931个基因，进一步利用CodonW分析基因密码子偏好性。结果表明：GC含量的变化范围为0.273～0.742，均值为0.452;ENC的范围为26.29～61.00，均值为52.76;CAI的范围为0.064～0.401，均值为0.199;RSCU值大于
广西植物 2021年12期2021-01-07
- 黄野螟化学感受基因的鉴定与分析
虫触角和口器的转录组进行了测序，共鉴定到124个化学感受基因，包括50个气味受体（odorant receptor，OR）基因，19个离子型受体（ionotropic receptor，IR）基因，17個味觉受体（gustatory receptor，GR）基因，19个气味结合蛋白（odorant binding protein，OBP）基因，17个化学感受蛋白（chemosensory protein，CSP）基因和2个感觉神经元膜蛋白（sensory
植物保护 2021年6期2021-01-04
- 基于卵巢转录组中华绒螯蟹大规格亲本育苗优势的分子机理
次基于卵巢比较转录组（大规格与一般规格）探讨中华绒螯蟹大规格亲本潜在的分子优势。结果表明：2组共检测到8 772个差异表达基因（5 307个上调，3 465个下调），其中43个常见差异基因出现在与生殖、免疫和生长相关的15条通路中。经qRT-PCR验证，对其中9个相关基因（包括TRINITY_DN13931_c0_g1、TRINITY_DN1908_c0_g2和TRINITY_DN6686_c0_g1）开展进一步研究。这些被证实的常见差异表达基因主要富集于
江苏农业科学 2021年23期2021-01-02
- “三台”核桃不同成熟期果实转录组分析
桃 ;成熟度;转录组;基因中图分类号 S 664.1 文献标识码 A 文章编号 0517-6611（2020）23-0165-05doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2020.23.041Transcriptome Analysis of Santai Walnut Fruits at Different Ripening StagesHE Na， GENG Shu-xiang， NING De-lu et al（Yunnan Aca
安徽农业科学 2020年23期2020-12-28
- 基于转录组测序的西瓜果肉硬度相关基因表达分析
型差异，并利用转录组测序技术检测2个品种间差异表达基因。结果发现，‘甜王西瓜品种果肉硬度是‘京欣3号西瓜的1.9倍，表型与‘京欣3号西瓜具有显著性差异。转录组测序结果显示，与‘京欣3号西瓜相比，‘甜王西瓜样品有5 342个基因差异表达，其中2 360个基因上调表达，2 982个基因下调表达。差异基因主要注释在碳水化合物代谢、信号转导、脂质代谢等途径，其中与果肉硬度变化的候选基因主要包括果胶酯酶、果胶裂合酶、聚半乳糖醛酸酶、纤维素酶、纤维素合酶、β-半乳糖苷
中国瓜菜 2020年10期2020-12-14
- 干旱胁迫下野生大豆bHLH家族转录组分析
片RNA并进行转录组测序。以基因本体论数据库（GO）、京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG）、NCRI蛋白数据库（NR）注释的结果为基础，以bHLH转录因子为关键词进行筛选，再综合转录因子分析中提供的相关数据，共获得177条相关序列，包括64个bHLH家族成员。通过蛋白网络互作分析确定了4个干旱相关基因。为进一步研究野生大豆干旱胁迫下bHLH家族抗旱基因提供了理论基础。关键词：野生大豆;转录组;干旱胁迫;bHLH;显著差异表达基因;转录因子中图分类号：
江苏农业科学 2020年19期2020-12-09
- 基于转录组序列的羊肚菌EST-SSR标记开发与遗传多样性分析
析。结果表明，转录组测序共获得73 781条Unigene序列，其中25 461条Unigene序列中含有41 814个简单重复序列（Simple sequence repeats， SSR）位点，SSR位点发生频率为34.51%，平均分布距离为2.51 kb。优势重复序列类型为单核苷酸，占总SSR位点数量的51.39%，其次为三核苷酸和二核苷酸，分别占总SSR位点数量的28.04%和13.35%。A/T、AG/TC、AGC/TCG分别是单核苷酸、二核苷酸
江苏农业学报 2020年5期2020-12-09
- 多杀菌素影响下黑斑侧褶蛙皮肤转录组分析
研究对象，通过转录组测序的方法研究差异基因的功能和富集通路，预测多杀菌素对黑斑侧褶蛙皮肤基因表达的影响。关键词：多杀菌素;黑斑侧褶蛙;转录组中图分类号：X174文献标识码：A 文章编号：1003-2177（2020）12-0109-020引言多杀菌素（Spinosad），又名刺糖菌素，是由好氧型革兰氏阳性土壤放线菌刺糖多孢菌（Saccharopoly-spora spinosa）发酵液中提取的一种大环内酯类无公害高效生物杀虫剂，没有抑菌活性，但有杀虫
海外文摘·学术 2020年12期2020-12-06
- 云南火焰兰转录组SSR分布及其序列特征分析
分析云南火焰蘭转录组中SSR分布及其序列分布特征，为大量开发EST-SSR引物及开展火焰兰属乃至兰科植物的SSR遗传多样性分析、种质资源评价、遗传图谱构建及遗传育种提供理论依据。【方法】以云南火焰兰无菌苗幼嫩叶片为材料，利用高通量测序技术进行转录组测序，使用Trinity对测序结果进行de novo组装，并以MISA对获得的Unigene进行SSR位点搜索，然后利用Excel 2010对云南火焰兰转录组中SSR出现频率、平均分布距离、基元类型及其重复类型组
南方农业学报 2020年7期2020-11-09
- 脊尾白虾低盐转录组信息挖掘
icauda）转录组的测序及分析，筛选出低盐胁迫下差异表达显著的基因并进行实时定量验证，同时进行KEGG通路富集分析，挖掘低盐胁迫相关信号通路，以期阐明脊尾白虾在低盐环境下的生理调控机制。转录组数据分析发现，脊尾白虾机体可能通过磺基转移酶活性的变化来调控类固醇、激素水平。表皮蛋白AMP5样的表达量的变化表明低盐胁迫可能影响脊尾白虾节间膜的形成。低盐胁迫试验实时定量结果显示，基因在鳃、肝胰腺和肌肉中的表達情况各有不同，并随时间的变化，基因的表达量也会有所波动
安徽农业科学 2020年19期2020-11-02
- 藤茶高通量转录组分析及黄酮类化合物合成相关基因挖掘
对藤茶叶片进行转录组测序，经过滤处理后运用Trinity组装，将获得的Unigene与Nr、Nt、Pfam、Swiss-Prot、GO、KO和KOG 7个数据库进行比对注释，并预测Unigenes的编码区序列（CDS）;基于KEGG信号通路富集分析，发掘藤茶黄酮类化合物合成相关基因。【结果】藤茶叶片转录组测序获得82126236条原始测序序列（Raw reads），过滤处理后得到80156972条高质量序列（Clean reads），进一步组装拼接得到92
南方农业学报 2020年8期2020-11-02
- 牛大力淀粉酶基因家族的生物信息学分析
大的牛大力根的转录组测序结果，采用生物信息学技术对筛选到的28 个牛大力淀粉酶基因进行分析。结果表明：28 个牛大力淀粉酶相关蛋白基因编码的氨基酸序列分子量为20.78～349.39 KDa;均为酸性蛋白部分;部分亚细胞定位在叶绿体;具有PLN02784 super family、AmyAc-family super family结构域;二级结构中除MsAm1、MsAm7、MsAm8、MsAm15、MsAm16、MsAm22、MsAm23、MsAm28中α
广西植物 2020年9期2020-11-02
- 红鳍东方鲀与杂交鲀的性腺转录组比较分析
和精巢组织进行转录组测序与生物信息学分析。结果表明：通过分析与筛选共得到差异表达基因（DEGs）4 157个（卵巢组织）和8 260个（精巢组织）。其中卵巢组织样本（O_2vsO_1）中表达上调的差异基因有1 912个，表达下调的有2 245个;精巢组织样本（T_2vsT_1）中表达上调的差异基因有4 234个，表达下调的有4 026个。通过GO功能注释与KEGG富集分析，在卵巢组织样本中（O_2vsO_1），差异表达基因主要归纳为93个功能类别与153条
安徽农业科学 2020年18期2020-10-09
- 罗氏沼虾转录组密码子使用偏好性分析
以羅氏沼虾转录组数据为数据来源，通过研究罗氏沼虾转录组的密码子使用参数（如有效密码子的数量和相关密码子碱基的具体组成信息等），并且采用Codon W 1.4.4深入开展了统计和计算。研究结果显示，同义密码子第三位核苷酸和表达基因密码子GC含量均值分别为0.40和0.45。从整体上看，ENC的平均值等于52.72，其中绝大部分的ENC值小于35。采用高频密码子的研究方法获得GAU、GAA、UUU、AAU、CCA等5个高频密码子。通过最优码子分析法确定16
现代农业科技 2020年16期2020-09-15
- Wolbachia对土耳其斯坦叶螨生殖影响的转录组测序分析
坦叶螨品系进行转录组测序。结果表明：感染Wolbachia后，叶螨体内一些与生殖相关的基因发生明显变化，其中3 810个基因在雌成螨中受到影响，2 885个基因在雄成螨中受到影响;其中一些参与脂质转运、氧化还原反应、消化及解毒作用的基因具有明显的性别特异性。这为内共生菌Wolbachia引起宿主生殖调控提供了新的理论依据。关键词 土耳其斯坦叶螨; Wolbachia; 转录组; 生殖调控中图分类号：S 476文献标识码： ADOI： 10.16688/j.
植物保护 2020年4期2020-08-25
- 怀菊转录组中SSR位点信息分析
魏硕摘要：以转录组测序数据为基础，利用MISA软件对简单重复序列（simple sequence repeat，简称SSR）进行检测及分析，分析怀菊转录组中的SSR位点信息，并设计SSR引物，为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明，共检测到8 553个SSR位点，它们分布在 7 369 条Unigene中，出现频率为2.83%，SSR位点的发生频率为2.44%;其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序。怀菊转录组基序长度主
江苏农业科学 2020年11期2020-08-04