弧菌16S rRNA基因特异引物设计及海洋弧菌菌群结构分析

孙 颖,刘 泳,王华磊,陈吉祥,杨官品

(中国海洋大学海洋生命学院,山东青岛266003)

弧菌16S rRNA基因特异引物设计及海洋弧菌菌群结构分析

孙 颖,刘 泳,王华磊,陈吉祥,杨官品＊＊

(中国海洋大学海洋生命学院,山东青岛266003)

弧菌是海水中最常见的细菌类群之一。弧菌属的一些种是致病菌,能引起海洋生物弧菌病,给养殖业造成损失。根据已有弧菌16S核糖体RNA基因(16S rDNA)序列,设计了3条弧菌属特异引物VF169、VR744和VR1150,与细菌16S rDNA通用引物VF27一起,组成VF169/VR744、VF169/VR1150和VF27/VR744 3引物对。从海水中直接提取浮游生物总DNA,用VF169/VR744,VF169/VR1150和VF169/VR744(巢式)以及VF27/VR744引物分别扩增弧菌16S rDNA片段并克隆,分别构建了弧菌16S rDNA片段变异类型文库。从各文库中分别随机选取一定数量的克隆测序,共获得72条序列。系统学分析表明所有72个序列都与已知的弧菌属细菌的序列聚类,具有很高的相似性,证明所设计的引物能用于海水样品弧菌菌群分析。另外,VF27/VR744既具有对海洋弧菌的高度特异性,也具有恰当的海洋弧菌覆盖面,是1对选择扩增海水中弧菌16S rDNA的较理想引物。从获得序列的分布情况看,胶州湾存在较高的弧菌多样性,其中,类灿烂弧菌菌群(Vibrio splendidus-related group)是优势类群。

弧菌;16S rRNA基因;弧菌属特异引物;弧菌菌群结构

弧菌是一类直的或略为弯曲的革兰氏阴性菌,极生单鞭毛或多鞭毛,可运动。弧菌属属于弧菌科, Bergey氏细菌系统学手册第二版(2005)中收录的弧菌已达63种。弧菌广泛分布于近岸海水、河口、海产品及海洋生物体表和肠道中。正常情况下,大多数弧菌属于海水、动物体表和肠道的正常菌群。……