SSR标记技术在马铃薯遗传育种研究中的应用

李建武

（甘肃省农业科学院马铃薯研究所，甘肃兰州 730070）

简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）又称微卫星DNA（Microsatellite DNA），广泛分布在真核生物基因组的不同位置，且分布较为均匀，由于其重复次数不同或重复程度不完全而形成每个座位的多态性。SSR一般是由几个（多为1～6个）碱基组成的基序（motif）串联重复而成的DNA序列，其长度一般较短，在100 bp以内。SSR标记技术作为第2代基于PCR的一种新型DNA分子标记，其原理是根据SSR两端的特定顺序序列设计互补的寡聚核苷酸引物，对SSR进行PCR扩增，经聚丙烯酰胺凝胶电泳，即可显示SSR位点在不同个体间的多态性，表现为共显性。

SSR标记具有多态性高、重复性好、数量丰富、分布于整个基因组、特异性扩增、发生频率高、共显性遗传、对DNA数量和质量要求不高、批量操作等优点。自该技术于1991年创立以来，被广泛应用于植物遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助选择育种和遗传多样性研究等方面（Bonierbale et al.，1988），同样在马铃薯构建遗传连锁图谱、研究群体遗传学、进行分子标记辅助育种、系谱分析、品种指纹图谱绘制、品种纯度检测、目标性状分子标记筛选等研究方面也得到广泛应用（Collins et al.，1999；Ghislain et al.，2009）。

1 马铃薯SSR的发展

SSR引物的获取途径主要有三条：其一，直接应用已经公开发表的SSR引物，随着马铃薯基因组测序的不断深入和完善，公开发表的SSR标记日益丰富；其二，使用近缘物种的引物，如利用茄科番茄的保守序列作为引物的结合位点完成 PCR（Polymerase Chain Reaction）反应（Frary et al.，2005）；其三，开发SSR引物，通过核酸数据库GenBank、DDBJ（DNA Data Bank of Japan）、EMBL（European Molecular Biology Laboratory）筛选简单重复DNA序列，或从已建立的克隆文库中获得简单重复DNA序列的阳性克隆，然后根据其两侧保守的DNA序列设计特定的SSR引物。……