群体遗传学分析软件的应用现状

延边大学（133000）单元春

吉林省医疗器械检验所（130026）刁红雨

分子群体遗传学是利用DNA序列的变异式样来研究群体的遗传结构及引起群体遗传变化的因素与群体遗传结构的关系。群体遗传学分析软件，是利用群体的基因频率和基因型频率进行多项遗传学数据的统计分析的便捷式操作软件。目前国内群体遗传学的研究越来越热门，对遗传学的数据分析也提出了更高的要求 ，本文对群体遗传学分析软件进行了比较分析。

1 MEGA

MEGA是一种利用核酸或蛋白序列重建进化树的软件，具有分析核酸多样性、推测物种间的进化距离等功能，可以在Windows、Mac OS、Linux平台下操作。输入的序列需要用序列比对软件比对之后才可以使用，保存的序列经过比对后保存为*.MEG格式，即可用来构建四种类型的系统发育树，分别为neighbor joining、maximum parsimony、minimum evolution和UPGMA4种算法。软件本身提供了不同数据格式的转换功能，增强了软件的通用性[1]。此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵。结果可以直接保存本身格式或者保存为图像格式，结果输入随时可以使用标注，标注的内容可以被保存和复制。（该软件可在http://bioinformatics.psb.ugent.be/software/details/3下载）。

2 GENEPOP

GENEPOP是一种具有进行正合检验（如哈迪-温伯格平衡、种群差异、连锁不平衡等）、估算群体遗传学参数（如Fst、基因频率等）、转换输入文件格式功能的分析软件，但它不能直接计算出居群间的实际遗传距离。该软件可以在MS-DOS环境下运行，也可以在线使用（http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/index.html）。GENEPOP的数据输入文件为纯文本文件，数据文件要与GENEPOP存于同一子目录下才可使用，可以用2位或3位数对数据进行编号，输入文件中缺失的数据可以用00或000表示。……