苜蓿乙烯应答因子基因的表达特性和生物信息学分析
2012-04-12 03:42:00陈婷婷杨青川张新全康俊梅丁旺张铁军
草业学报
2012年6期
陈婷婷，杨青川，张新全，康俊梅，丁旺，张铁军
（1.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京100193；2.四川农业大学草业科学系，四川 雅安625014）
＊AP2／ERF转录因子包含AP2结构域，最早从拟南芥（Arabidopsisthaliana）中分离得到。AP2结构域由高度保守的57～70个氨基酸残基组成，包含YRG区和RAYD区，YRG区的N－端由富含20个氨基酸残基的碱性和亲水性区域组成，对识别各类顺式作用元件并与之相互结合起关键作用；RAYD区位于AP2／ERF结构域的C－端，约含有40个氨基酸残基，其中约18个氨基酸残基组成的核心区可形成双亲性的α－螺旋。DNA结合区与DNA的结合依赖于YRG区，RAYD区通过影响YRG区的构象或与其他蛋白发生相互作用调节AP2结构域与DNA的结合［1，2］。根据AP2结构域的数量可以将 AP2／ERF转录因子分为3个家族［3］，分别为 AP2、ERF和RAV家族。AP2家族包含2个AP2结构域，主要调控植物的生长发育；RAV家族包含1个AP2结构域和1个B3结构域；ERF家族蛋白只包含1个AP2结构域，又可分为2个亚家族：CBF／DREB亚家族和ERF亚家族，CBF／DREB在植物应答非生物胁迫的过程中发挥重要作用［4－6］，ERF亚家族主要参与生物胁迫应答［7］，许多研究表明ERF亚家族成员同时也参与非生物胁迫应答。苜蓿（Medicagosativa）是一种优质的豆科牧草［8，9］，研究其乙烯应答因子具有重要意义。本研究以拟南芥AP2结构域为探针搜索NCBI的苜蓿属蛋白质数据库，对苜蓿属ERF蛋白进行鉴定和分析，并通过半定量RT－PCR技术对紫花苜蓿5个ERF基因的组织表达差异性和多种条件下的表达特性进行研究，以期为进一步开展苜蓿ERF蛋白结构和功能的研究提供理论基础。
1 材料与方法
1.1 生物信息学……
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