RNA二级结构点括号图与CT文件表示法的相互转换算法研究

吴建英，王淑琴

（天津师范大学 计算机与信息工程学院，天津300387）

核糖核酸RNA（Ribonucleic Acid，RNA）是由核糖核苷酸经磷酯键缩合而成的长链状分子，A、U、G和C 4种碱基分别代表腺嘌呤（Adenine）、尿嘧啶（Uracil）、鸟嘌呤（Guanine）和胞嘧啶（Cytosine）.RNA分子中的一部分可以与自身碱基互补配对，并折叠形成复杂的二级结构.RNA是生物系统内最为重要的分子之一，它在生物体内行使着多种功能，尤其是在HIV等病毒体中，遗传信息由RNA携带而不是DNA[1].随着人们对RNA研究的不断深入[2－3]，RNA分子的重要性越来越受到人们的重视，特别是发现了RNA分子的催化属性，更加引起了研究者的广泛关注.随着科学技术的飞速发展，研究人员已经获得了大量的RNA一级结构信息.分析RNA二级结构的相似性可以为研究RNA的功能提供重要的信息，因此，RNA二级结构的表示形式对RNA的相关研究具有至关重要的作用，是近年来的研究热点[4－5].为了更好地研究RNA的功能，通常需要大量使用RNA二级结构预测软件，而不同的预测软件获得的二级结构不同，而且很多有关RNA二级结构相似性的研究也基于不同的RNA二级结构表示方法，因此，研究RNA二级结构表示方法之间的转换算法具有非常重要的意义.目前，对RNA二级结构表示法间转换算法的研究相对较少，文献[6]中给出了二级结构平面图到点括号图的转换以及树图和二级结构平面图的转换算法.本研究对RNA二级结构常用的表示方法进行讨论，给出点括号图与二级结构平面图文本表示（即对应的CT文件）之间的相互转……