nc2Cancer:一个研究与癌症相关人类非编码RNA的数据库

nc2Cancer:一个研究与癌症相关人类非编码RNA的数据库

程卓，刘珂，严章明，向书念，孙之荣*

(清华大学生命科学学院教育部生物信息学重点实验室，北京 100084)

摘要：伴随着高通量测序技术的飞速发展，许多新型的非编码RNA陆续被发现，比如长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(Circular RNA)。先前的研究已经表明这些非编码RNA在基因表达调控过程中起着很重要的作用，并且与癌症的发生有着很密切的联系。但是，由于研究者们仍然对它们行使何种功能知之甚少，鉴定这些非编码RNA是否与人类癌症存在密切的相互关系仍然是一个巨大的挑战。为了促进这一领域的研究，这篇文章的作者分析了大规模的RNA相互作用数据，然后建立了数据库nc2Cancer (http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/nc2Cancer/index.php)。这个数据库的目标便是提供非编码RNA与癌症之间的全面关系。现在，该nc2Cancer数据库包括了三种类型的非编码RNA分子：长链非编码RNA，环状RNA以及由假基因转录而成的RNA。这项研究将有助于研究者更好地去理解非编码RNA的功能以及它们在人类癌症发生过程中所起到的作用。

关键词：非编码RNA；癌症；MicroRNA；RNA相互作用网络

中图分类号：TP392;Q522文献标志码：A

收稿日期：2015-03-30;修回日期：2015-05-05.

基金项目：高等学校博士学科点专项科研基金(20122329120001)。

作者简介：刘赢，女，黑龙江人，在读硕士，研究方向: 植物功能基因组学；E-mail：15114599330@163.com.

doi:10.3969/j.issn.1672-5565.2015.02.02

nc2Cancer: a database for cancer-associated human ncRNAs

CHENG Zhuo, LIU Ke, YAN Zhangming, XIANG Shunian, SUN Zhirong*

(MOEKeyLaboratoryofBioinformatics,SchoolofLifeSciences,TsinghuaUniversity,Beijing100084,China)

Abstract：With the rapid development of high-throughput sequencing technology, many new types of non-coding RNAs (such as lncRNAs and circular RNAs) have been identified. Previous studies have shown that these non-coding RNAs play critical roles in gene regulation and have strong associations with cancers. However, since we know little on how the ncRNAs excute their functions, it remains a challenge for us to fully identify the associations between ncRNAs and human cancer. To facilitate the study of this field, we analyzed large-scale RNA-RNA interaction data and constructed a database named nc2Cancer(http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/nc2Cancer/index.php), a web resource which aims to provide comprehensive associations between ncRNAs and cancer. Currently, nc2Cancer covers three types of non-coding RNAs (lncRNAs, circular RNAs and RNAs transcribed from pseudogenes). This study will greatly expand the understanding of ncRNA functions and their possible roles in cancer development.

Keywords：ncRNA; Cancer; microRNA; RNA-RNA network

近些年来，伴随着高通量测序技术的发展，许多新的非编码RNA类型被陆续鉴定出来。比如长链非编码RNA(Long non-coding RNAs)和环状RNA(Circular RNAs)[1-3]。越来越多的研究已经暗示了这些非编码RNA分子在许多生物学过程中起着重要的调控作用，比如细胞分化，表观遗传调控，细胞凋亡以及细胞周期控制等，并且这些非编码RNA还被认为与肿瘤的发生有着密切的联系[4-5]。……