马氏珠母贝SNP标记开发及家系遗传多态性分析

李耀国，刘文广，林坚士，何毛贤

（1.中国科学院南海海洋研究所　中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室　广东省应用海洋生物学重点实验室，广东　广州　510301；2.中国科学院大学，北京　100049）



马氏珠母贝SNP标记开发及家系遗传多态性分析

李耀国1，2，刘文广1，林坚士1，何毛贤1

（1.中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室，广东广州510301；2.中国科学院大学，北京100049）

摘要：利用13个源自转录组序列的SNP标记对3个马氏珠母贝（Pinctada fucata）家系进行遗传多态性分析及聚类分析。结果显示，家系1#、3#、6#的平均期望杂合度（He）分别为0.307 8、0.318 9和0.382 7；平均观测杂合度（Ho）分别为0.342 2、0.341 0和0.394 2；平均多态信息含量（PIC）分别为0.243 5、0.247 9和0.297 7。结果表明，3个马氏珠母贝家系具低度或中度遗传多态性，为马氏珠母贝内SNP应用于遗传多态性分析等提供了基础。利用SNP标记对3个家系进行聚类分析，发现半同胞家系1#和3#在家系及个体聚类中均先聚在一起，然后再与亲缘关系较远的家系6#聚在一起。新开发的SNP标记能较准确地对家系及个体进行聚类，为SNP标记应用于马氏珠母贝遗传关系分析提供了研究基础。

关键词：马氏珠母贝；SNP；遗传多态性；聚类分析

马氏珠母贝（Pinctada fucata），又名合浦珠母贝，是世界上重要的海水珍珠贝，在中国广东、广西、海南沿海有着广泛分布。海洋贝类养殖过程中普遍存在育种混乱、寄生虫病及环境胁迫等问题，给经济生产带来重大损失（Hine etal，2000；Liu etal，2012）。通过常规的选择和杂交育种可对海水养殖品种进行遗传改良（汤娇雯等，2009）。……