木薯SCoT—PCR反应体系优化及引物筛选

严华兵 周慧文 单建伟 谢向誉

摘要：【目的】优化木薯SCoT-PCR反应体系并进行SCoT引物筛选，为木薯辅助育种提供技术支持。【方法】以木薯品种新选048为材料，利用正交试验设计对DNA模板量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶量等因素进行优化，确定木薯最佳SCoT-PCR反应体系，并用其进行SCoT引物筛选。【结果】木薯最佳SCoT-PCR反应体系（20.0 μL）：模板DNA 60 ng，引物浓度0.30 μmol/L，Taq DNA聚合酶 1.5 U，Mg2+ 1.50 mmol/L，dNTPs 0.25 mmol/L。利用该体系筛选出19条SCoT引物，能稳定扩增出数量多、清晰可辨且多态性丰富的条带。【结论】优化的木薯SCoT-PCR反应体系检测结果稳定，重复性好，且筛选出的19条引物均适用于木薯遗传多样性分析。

关键词： 木薯；SCoT-PCR反应体系；正交试验设计；引物筛选

中图分类号： S533 文献标志码：A 文章编号：2095-1191（2016）10-1648-05

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【研究意义】木薯（Manihot esculenta Crantz）是大戟科（Euphorbiaceae）木薯属（Manihot）植物，耐旱抗贫瘠，广泛种植于非洲、美洲和亚洲等100余个国家和地区（El-Sharkawy，2004），是世界三大薯类作物之一。广西木薯种植面积及产量均占我国总量的50%～60%，通过木薯育种提高木薯产量对广西乃至全国木薯产业发展均具有重要意义。木薯遗传背景复杂，杂合度高，为其品种选育提供了丰富的遗传资源。近年来，随着分子标记技术的发展，现已广泛应用于木薯亲本的选择、遗传图谱构建及遗传多样性分析等研究。目标起始密码子多态性分子标记（Start condon targeted polymorphism，SCoT）是Collard和Mackill（2009）以水稻为基础提出的基于单引物扩增反应（SPAR）的新目的基因分子标记，其原理是基于植物基因中ATG翻译起始位点侧翼序列的保守性，设计单引物并对基因组进行扩增，具有操作简单、引物通用、成本低廉、多态性高、能获得丰富遗传信息等优点（熊发前等，2009）。……