广东汉族人群H19基因上游差异甲基化区SNP

马晓燕，何文智，袁天丽，冼嘉嘉，王晓蔓，李少英，刘海波，黎　青（广州医科大学附属第三医院 法医物证司法鉴定所 广东省普通高校生殖与遗传重点实验室，广东 广州510150）



广东汉族人群H19基因上游差异甲基化区SNP

马晓燕，何文智，袁天丽，冼嘉嘉，王晓蔓，李少英，刘海波，黎青
（广州医科大学附属第三医院 法医物证司法鉴定所 广东省普通高校生殖与遗传重点实验室，广东 广州510150）

摘要：目的 调查广东汉族人群中H19基因上游差异甲基化区（differentially methylated region，DMR）的单核苷酸多态性（SNP）及单倍型。方法 应用PIA分型法，以限制性内切酶McrBC、HpaⅡ消化基因组DNA分别获得个体单亲源DNA模板链，经测序，分别获得个体H19基因上游DMR单亲源SNP等位基因、基因型及单倍型数据。结果 共检出13个SNP（rs10840167、rs2525883、rs12417375、rs4930101、rs2525882、rs2735970、rs2735971、rs11042170、rs2735972、rs10732516、rs2071094、rs2107425、rs4930098）及1个突变点（g7351c）。所有位点经统计学分析均符合Hardy-Weinberg平衡定律（P＞0.05）。除rs12417375位点DP值为0.279，其余12个SNP DP值在0.446～0.614；g7351c突变点DP值为0.013，提示为南方汉族民族特异性位点。共检出8种单倍型（命名为单倍型1～8），其中有3种为新发现的单倍型，其DP、PIC、PE及H分别为0.891、0.714、0.524和0.758。结论 PIA分型法获得的H19基因上游DMR SNP位点及其单倍型遗传标记系统具有较高的鉴别能力，在法医学鉴定中具有较好的实用价值。

关键词：法医遗传学；多态性，单核苷酸；DNA甲基化；H19基因；汉族；广东

H19基因是位于染色体11p15.5区域印记基因簇中的一个父源印记基因，其父源等位基因高度甲基化而母源等位基因未甲基化［1-4］，该印记受其上游4kb处差异甲基化区（differentially methylated region，DMR）的调控［5-7］。近年其上游DMR中SNP受法医遗传学研究的青睐。亲源印记等位基因（parentally imprinted allele，PIA）分型法可以不依赖家系分析而直接确定等位基因的亲本来源，确定个体的单倍型［8-9］，大大提高某些亲子鉴定案件（如单亲鉴定或母亲与小孩具有相同杂合子基因型）的鉴定效能［10］。……