浙江地区猪戊型肝炎病毒全基因组序列分析

帅江冰　　吴姗　　虞惠贞　　何永强　　张晓峰

（浙江省检验检疫科学技术研究院　　浙江杭州　310016）

浙江地区猪戊型肝炎病毒全基因组序列分析

帅江冰吴姗虞惠贞何永强张晓峰*

（浙江省检验检疫科学技术研究院浙江杭州310016）

采用套式RT-PCR方法首次对浙江省猪群中戊型肝炎病毒的全基因组进行分段扩增，并对其两端非编码区采用末端快速扩增法进行扩增，T-A克隆测序后拼接分析。JH-14-03株全基因组共7253 bp，5’端至3’端依次为 5’非编码区（25 bp）、ORF1基因（5124 bp）、ORF3基因（339 bp）、ORF2基因（1983）及包含一个18个碱基A组成的Poly（A）尾的3’非编码区（86 bp）。JH-14-03株戊型肝炎病毒与已发表的基因4型戊型肝炎病毒全基因组核苷酸同源性最高，为85.6%-94.7%，显著高于与基因1、2、3型已发表戊型肝炎病毒全基因序列的同源性。分子进化分析显示JH-14-03株与大部分国内猪源和人源戊型肝炎病毒同属于戊型肝炎病毒基因4型毒株。

戊型肝炎病毒；全基因组序列分析

1　　前言

戊型肝炎（Hepatitis E）由戊型肝炎病毒（Hepatitis E virus，HEV）引起，是一种经粪-口传播、以黄疸为主的急性传染病［1］。戊型肝炎的病死率较甲、乙、丙型和丁型肝炎高，其中患病孕妇的病死率可高达21%［2，3］。自1955年印度发生第1次大暴发以来，戊型肝炎已在亚洲、非洲与拉丁美洲的很多国家广泛流行［4］，近年来亦在日本等发达国家散发流行［5］。我国是戊型肝炎高发区，新疆、辽宁、山东等省均有流行［3，6］，对公共卫生和人类健康构成了极大威胁。

HEV基因组为单股正链RNA，约7.3 kb，依次包含5’非编码区、3个部分重叠的开放读码框（ORF）以及3’端非编码区和一个polyA尾［7］。自Meng等［8］1997年首次分离鉴定猪戊型肝炎病毒 （sHEV）以来，越来越多的研究表明猪源HEV与人源HEV基因组具有很高的同源性，在遗传进化关系上也有较高的亲缘性［9-10］。……