木麻黄EST序列中SSR的分布特征及有效SSR标记的筛选

胡 盼 仲崇禄 张 勇 姜清彬 陈 羽 陈 珍 韩 强

Khongsak Pinyopusarerk2 Didier Bogusz3

(1.中国林业科学研究院热带林业研究所，广州 510520； 2.澳大利亚联邦科学与工业研究组织植物所，阿克顿 2600，澳大利亚； 3.法国发展研究院(IRD)，蒙彼利埃，BP 64501，法国)

木麻黄EST序列中SSR的分布特征及有效SSR标记的筛选

胡 盼1仲崇禄1张 勇1姜清彬1陈 羽1陈 珍1韩 强1

Khongsak Pinyopusarerk2Didier Bogusz3

(1.中国林业科学研究院热带林业研究所，广州 510520；2.澳大利亚联邦科学与工业研究组织植物所，阿克顿 2600，澳大利亚；3.法国发展研究院(IRD)，蒙彼利埃，BP 64501，法国)

从NCBI的EST数据库中获得的木麻黄EST序列共有34 752条，进行拼接后得到全长7 278.578 kb的非冗余序列(Unigene)12 062条，并从中检索得到分布于353条Unigene的367个SSR位点，SSR检出率为2.93%，平均分布距离为19.83 kb，包括39种重复基序类型。其中，以二核苷酸和三核苷酸为主要类型，在总SSRs中所占比例分别为57.77%和34.60%；而二核苷酸重复基序中，AG/CT所占比例最高，为93.87%；在三核苷酸重复基序中AAG/CTT所占比例最高，为44.09%。对检索出的EST-SSR位点设计得到97对引物，其中32对为可有效扩增引物。Blastx分析发现77.3%的含SSR位点的EST序列与非冗余蛋白序列数据库中功能序列具有同源性，而功能已知的序列中葡萄来源的序列占有最大比例(10.4%)。GO功能分类发现，含有SSR位点的EST序列中有47.3%至少具有1个GO注释，归入细胞组分的序列最多，而其中细胞质和细胞核的功能项所占比例较大。

木麻黄；EST；SSR

SSR(Simple Sequence Repeat,SSR)是由2～6个核苷酸为重复单位组成的串联重复序列。大量研究表明，SSR广泛存在于各类物种中，且具有极高的多态性，是许多遗传学研究如遗传多样性研究[1～4]、构建连锁图谱[5～7]、基因图位克隆[8～9]，以及进化学研究[10～12]中广泛应用并极为有效的标记。……