位置功能候选基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160与猪肢蹄结实度的关联性

张徐非，候利娟，邱恒清，黄路生，郭源梅

（1温州医科大学动物实验中心，浙江温州 325000；2江西农业大学种猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室，南昌 330045）

位置功能候选基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160与猪肢蹄结实度的关联性

张徐非1，2，候利娟2，邱恒清2，黄路生2，郭源梅2

（1温州医科大学动物实验中心，浙江温州 325000；2江西农业大学种猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室，南昌 330045）

【目的】建立一种通过内在的四肢骨关节评分来评估猪肢蹄结实度的方法，并计算关节评分与表观评估的肢蹄结实度之间的相关系数。此外，在F2、莱芜、二花脸、苏太和杜长大5个猪群中，研究三个位置功能候选基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160与猪肢蹄结实度之间的关联性。【方法】根据关节面裂痕的大小和深浅以及损伤的严重程度，对5块四肢骨的关节进行评分（1—5分）。如果关节面裂痕很大且很深，或损伤很严重，则评为1分；如果关节面没有裂痕和损伤，则评为5分。评分越高，说明关节越健康，肢蹄越结实。此外，基于笔者前期全基因组关联分析的结果，在猪7号染色体最强关联SNP两侧翼各0.2 Mb的区域内，筛选出HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160三个位置功能候选基因。在F2群体中，通过基因测序，搜寻这3个基因的多态位点，并根据多态位点在6个物种间的保守性，筛选出11个多态位点。利用Taqman探针，对3个HMGA1位点和3个C6orf106位点进行基因分型，而另一个基因的5个多态位点则通过基因型填补（genotype imputation）方法进行基因分型。最后，利用R软件GenABEL程序包，分析最小等位基因频率（MAF）大于0.05的多态位点与肢蹄结实度之间的关联性。……