宏基因组靶向测序分析皮肤表面微生物群落方法优化

姚雪刘文丽裴广倩童贻刚罗亚平

（1. 中国人民公安大学刑事科学技术学院，北京 100038；2. 军事医学科学院微生物流行病研究所，北京 100071）

宏基因组靶向测序分析皮肤表面微生物群落方法优化

姚雪1刘文丽2裴广倩2童贻刚2罗亚平1

（1. 中国人民公安大学刑事科学技术学院，北京 100038；2. 军事医学科学院微生物流行病研究所，北京 100071）

通过实验设计和数据分析，筛选出尽可能真实反映含量较低的皮肤微生物群落的高通量测序分析方法。使用多因素多水平完全随机实验设计，分析DNA提取、PCR扩增、样品采集、测序过程中各种实验因素对微生物群落组成特征分析结果的影响。结果显示，在样品采集方面，筛选出了最佳的采集拭子与采集液体；在DNA提取方面，筛选出了最佳的前处理方法及试剂盒种类；在PCR反应方面，筛选出了最佳的模板浓度及退火温度；在测序方面，筛选出了合适的测序深度。通过一系列的实验条件筛选，确定了适合分析低含量细菌群落结构组成特征的方法，并成功地应用于人类手掌面皮肤。

皮肤表面微生物群落；宏基因组靶向测序；16S rRNA基因

高通量测序技术的发展，揭示了人类皮肤表面（尤其是手掌面皮肤上）微生物（细菌）群落的组成有丰富的多样性［1-7］。不同种族之间，由于受生活方式、环境条件等因素的影响，皮肤微生物群落的结构组成差异明显［8-10］。不同家庭的人之间其皮肤微生物群落的差异大于同一家庭内部，而同一家庭内部，不同个体之间的皮肤微生物群落特征存在差异性［11］。……