8种石首鱼类线粒体基因组特征及分子系统进化分析

孙利元, 杨天燕, 孟 玮, 杨宝清, 张 涛



8种石首鱼类线粒体基因组特征及分子系统进化分析

孙利元1, 杨天燕3, 孟 玮4, 杨宝清1, 张 涛2

(1. 山东省水生生物资源养护管理中心, 山东烟台264003; 2. 中国科学院海洋研究所, 山东青岛 266007; 3.中国海洋大学水产学院, 山东青岛 266003; 4. 新疆大学生命科学与技术学院, 新疆乌鲁木齐 830046)

为探讨石首鱼科(Sciaenidae)鱼类分子系统进化关系, 采用生物信息学方法分析了黑鳃梅童鱼()、棘头梅童鱼()、大黄鱼()、小黄鱼()、鮸鱼()、白姑鱼()、黄姑鱼()和皮氏叫姑鱼()共8种石首鱼类线粒体基因组全序列的基本特征。结果显示, 除皮氏叫姑鱼外, 其余7种石首鱼类编码的37个基因排列顺序与脊椎动物线粒体基因组相同。基因组碱基分布存在不均衡现象, A+T含量高于G+C含量。线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明, ND4和ND5基因可作为基因的辅助分子标记, 应用于石首鱼类群体遗传学的研究中。黄鱼亚科5种鱼类13个蛋白质编码基因的比值远低于1, 显示出较强的纯化选择。皮氏叫姑鱼与其他石首鱼间的遗传距离均较大且亲缘关系较远, 暗示叫姑鱼属或为石首鱼类中较为原始的类群。基于线粒体基因组全序列构建NJ系统树支持黄鱼亚科和白姑鱼亚科亲缘关系较近的形态学结论。而基于去除控制区后序列和13个蛋白质编码基因序列构建的系统树则表明两亚科鱼类间的差别在非编码区更为明显。

石首鱼类; 线粒体基因组序列; 系统进化

石首鱼类隶属鲈形目(Perciformes)、鲈亚目(Percoidei)、石首鱼科(Sciaenidae), 是中国海洋经济鱼类中产量最大的群类。……