应用R语言MetaOmics分析流程实现基因芯片数据的Meta分析

刘小平，李晓东，郭 娇，曹 越，尹晓红，刘新灿

1. 武汉大学中南医院 循证与转化医学中心/武汉大学第二临床学院 循证医学与临床流行病学教研室/武汉大学循证与转化医学中心，武汉 430071； 2. 河南大学淮河医院 循证医学中心/科教科/泌尿外科，河南 开封 475000； 3. 河南中医药大学第一附属医院 心内科/河南中医药大学 循证医学中心，郑州 450000

应用R语言MetaOmics分析流程实现基因芯片数据的Meta分析

刘小平1，李晓东2，郭 娇3，曹 越1，尹晓红1，刘新灿3

1. 武汉大学中南医院 循证与转化医学中心/武汉大学第二临床学院 循证医学与临床流行病学教研室/武汉大学循证与转化医学中心，武汉 430071； 2. 河南大学淮河医院 循证医学中心/科教科/泌尿外科，河南 开封 475000； 3. 河南中医药大学第一附属医院 心内科/河南中医药大学 循证医学中心，郑州 450000

随着基因芯片技术的发展和检测成本的下降，近年来成千上万的基因表达谱研究被公开发表，因此基于基因表达芯片数据的Meta分析对于进一步验证具有重要意义。美国匹兹堡大学研究人员开发的基于R语言的MetaOmics分析流程目前包含的MetaQC、MetaDE和MetaPath程序包，可分别用于基因芯片数据Meta分析质量控制、差异基因筛选以及后续功能分析。本文以9例前列腺癌基因表达谱研究为例，介绍通过MetaOmics基因芯片数据实现Meta分析的具体步骤，为其临床应用提供参考。

Meta分析；基因芯片数据；MetaOmcis分析流程；R语言

微阵列(microarray)技术，又称基因芯片技术[1-2]，主要是指由成千上万个DNA样品或寡核苷酸密集排列于硅片、玻片、聚丙烯或尼龙膜等固相支持物上，再与模板在严格条件下进行杂交，最后由激光共聚焦显微镜等设备获取图像信息，通过计算机分析处理获得信息的技术集合。……