线辣椒SSR-PCR反应体系优化及多态性标记筛选

李全辉，李 江，邵登魁，王亚艺，侯全刚，钟启文

(青海大学 农林科学院，西宁 810016)



线辣椒SSR-PCR反应体系优化及多态性标记筛选

李全辉，李 江，邵登魁，王亚艺，侯全刚，钟启文

(青海大学 农林科学院，西宁 810016)

以循化线辣椒果实黄色突变体H0809和高代自交系0599-1为试材，采用L9(34)正交试验设计，研究线辣椒SSR-PCR 反应体系的主要成分对扩增结果的影响，并对420对SSR分子标记进行筛选。结果表明，最优的反应体系为：总体积20 μL，基因组DNA 20 ng，dNTP 100 μmol·L-1,引物0.6 μmol·L-1, Mg2+2.5 mmol·L-1,TaqDNA聚合酶1.5 μmol；通过筛选，获得72对具有多态性的SSR标记，多态性率为17.1%，平均每个标记扩增出2. 67个等位基因。本试验建立的SSR-PCR反应体系和筛选的多态性标记可用于线辣椒种质资源分析、分子标记辅助育种、分子遗传图谱构建及基因克隆等研究。

线辣椒；SSR；体系优化；引物筛选

简单重复序列(Simple Sequence Repeats, SSR)又称微卫星(Microsatellites)，是一类有1～5个核苷酸可变次数的串联重复序列。SSR由于具有数量丰富、多态性高、呈共显性遗传、实验操作简单以及对DNA数量和质量要求不高等优点, 目前已广泛应用于种质资源的遗传多样性分析[1-2]，杂交种纯度鉴定[3-5]、遗传连锁图谱构建及性状定位[6-9]等各个领域。在辣椒全基因组测序基础上，利用辣椒基因组富集文库和公共数据库的cDNA序列，开发了很多的SSR标记[10-11]，为相关应用奠定基础。

辣椒属茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum)，是一种重要的蔬菜作物，适应性很强，广泛栽培于世界各地。中国作为世界上最大的辣椒生产国家之一，目前年播种面积可以达130 多万hm2，且种植面积还在不断加大，已成为农民致富的主要经济作物之一[12]。……