干制辣椒InDel-PCR反应体系的构建及应用

王 辉， 王 爽， 姜 童， 杨延杰， 林 多

(青岛农业大学园艺学院/青岛市遗传改良与育种重点实验室，山东青岛 266109)

辣椒(CapsicumannuumL.)属茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum)，是一年生或多年生草本植物[1]。干制辣椒作为辣椒的重要种类之一，是辣椒产业化生产的主要原料，在辣椒产业中占据重要的位置[2]。我国是仅次于印度的世界干制辣椒第二大出口国，干制辣椒作为我国的传统出口创汇品种，适种区域广，经济效益高，加工增值潜力大[3]，产业链长，尤其是西北、西南、华北重要的特色经济作物，全国有20多个地区将干制辣椒作为当地的主要产业。

InDel(insertion-deletion)是针对基因组中插入缺失位点而设计的PCR标记，广泛分布于基因组中[4-5]。InDel标记具有带型简单、密度高、变异稳定、多态性强、检测容易的特点。应用InDel标记技术，可在材料间亲缘关系分析、关键基因资源拓宽、遗传群体评价等方面进行高效研究，进而为快速高效选育优良杂交组合奠定基础。目前，在水稻[6]、玉米[7]、番茄[8]、黄瓜[9]等作物的种质资源遗传多样性和亲缘关系等研究领域已有关于InDel标记技术的研究，但对于干制辣椒InDel标记的研究尚未见报道。

InDel-PCR反应体系构建是InDel标记的研究基础。在进行InDel-PCR扩增时，不同模板材料所要求的反应条件不同，扩增结果易受反应条件中诸多因素的影响[10]，为保证InDel标记的准确性和重复性，建立和优化InDel-PCR反应体系十分必要。本试验以干制辣椒为材料，筛选适用于InDel-PCR的DNA提取方法，对PCR反应条件中模板DNA浓度、引物浓度和循环次数进行优化，以建立干制辣椒 InDel-PCR 反应的最佳体系，并进一步进行InDel引物筛选。……