基于转录组数据的银鲴微卫星位点筛选

赵良杰，彭新亮，郭旭升

(信阳农林学院水产学院，河南省渔业生物工程技术研究中心，河南信阳 464000)

微卫星，又称简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)或者短串联重复序列(short tandem repeat，STR)[1]，具有高稳定性、高多态性、引物通用性、位点特异性、检测方便和呈共显性遗传等特点[2]，其作为一种良好的分子标记，在水产科学中被广泛应用。近年来，随着二代测序技术的发展，利用二代测序为基础的微卫星数据开发使得大规模开发微卫星位点成为可能[3]，基于二代测序的转录组数据平台可以提供大量的微卫星位点信息[2]。

银鲴(Xenocyprisargentea)属于鲤形目(Cypriniformes)鲴亚科(Xenocyprininae)鲴属(Xenocypris)，是一种小型淡水经济鱼类，广泛分布于海南至黑龙江的国内各江河、湖泊等水体[4]，是一种重要的淡水渔业捕捞对象[5]；由于其喜食底栖碎屑和着生藻类等食物，该种常常被作为水库和池塘中净化水质和优化养殖结构的工具鱼[6]。但是，随着近年来环境污染、水体富营养化、过度捕捞等原因，银鲴的野外种群数量也在快速下降。同时，尽管目前有人工繁殖银鲴的相关报道[7,8]，但是该种的遗传选育工作尚未开展，仅见少量野生群体的遗传学研究：肖武汉等[9]采用RFLP技术对长江和闽江流域的若干群体进行遗传分析；胡玉婷等[10]结合形态学和线粒体CytB基因对鄱阳湖及其邻近水系的银鲴进行了遗传学研究；刘军等[11]采用线粒体COI序列对长江、黑龙江以及钱塘江的银鲴群体进行了研究。目前仍然缺乏对于银鲴遗传资源状况的全面认识，开发大规模的银鲴微卫星遗传标记，对于银鲴遗传资源的调查和分子标记辅助育种工作的开展具有重要意义。……