菊叶香藜psbA基因生物信息学分析*

雷鸣任海龙

（1.西藏大学理学院；2.西藏大学医学院，西藏 拉萨 850000）

菊叶香藜是藜科刺藜属植物［1］，其具有刺激性气味，具有抑菌、昆虫活力抑制等作用［2,3］，中药用于治疗哮喘、支气管炎和偏头痛［4］，据藏药志记载有抗肿瘤活性［5］。菊叶香藜也为中等饲用植物［6］，通常情况下为亚优势种或伴生种［7］。研究发现在群落演替中重要值在明显增加，同时也可作为固定沙地的指示植物［8］。许新勇等［9］研究发现，在西藏“一江两河”流域地区，伴随着植被发育和群落演替的进程，在半固定沙丘和固定沙丘，菊叶香藜逐渐成为优势种，说明菊叶香藜本身生理生态特征非常适应“一江两河”流域气候环境。2003年，朱格鳞等在Flora of China中，基于形态学特征将菊叶香藜等植物归类到刺藜属植物［1］，并未对菊叶香藜的进行分子方面的鉴定。另外，psbA基因是叶绿体基因，序列相对保守，编码产物D1蛋白，是PSⅡ反应中心2个核心蛋白之一，介导光合作用过程中的电子传递［10］，在植物属以上水平的分子系统发育的比较中具有显著作用［11］。因此，在本研究中，通过菊叶香藜psbA序列生物信息学分析和系统发生树构建，为菊叶香藜的分类学提供分子依据。

1 方法

1.1 基于转录组测序对菊叶香藜psbA基因全序列的获取

通过转录组测序，将注释到psbA基因的unigenes在NCBI进行比对，然后再进行拼接。

1.2 菊叶香藜psbA基因编码序列生物信息学分析

通过NCBI在线分析软件ORF Finder对核苷酸序列进行分析，预测出可能的氨基酸序列；通过蛋白质二级结构在线预测软件PredictProtein，预测出氨基酸序列的二级结构、相对亲水表面、氨基酸组分和核苷酸组分；……