转录组中LncRNA在牛上的研究进展

龚龑，刘士钊，马海明

（1.湖南农业大学动物科学技术学院，长沙 410128；2.湖南普菲克生物科技有限公司，长沙 414000）

自20世纪70年代以来，蛋白质编码基因的转录一直是分子遗传学研究的重点。很多物种的基因组在转录过程中均产生数量巨大的非编码RNA（ncRNA0），早期其被认为是在转录过程中产生的“垃圾”和翻译过程中的“噪声”，但伴随越来越多的ncRNA被鉴定，逐渐证明其在机体发育和病理等过程中均有调控作用。第一个长链非编码RNA（LncRNA）于1990年被发现，其转录物缺少长的开放阅读框，表明RNA本身是功能性的，而不是编码的蛋白质产物[1]。同样，对X染色体失活至关重要的Xist也在1991年被发现，并证明其也缺乏编码蛋白能力[2]。2002年，日本科学家在对小鼠的全长cDNA进行人工注释时，确定了大部分不能编码蛋白的核酸序列为长链非编码RNA，由此拉开了长链非编码RNA的研究序幕[3]。如今在基因组测序技术飞速发展的带动下，整个转录组学的研究进展也得到了快速发展，而利用二代和三代高通量测序技术，使得大量的lncRNA被发现和鉴定。

1 LncRNA分类及其生物学功能

长链非编码RNA的长度大于200个核苷酸，大部分的lncRNA具有3’-poly-A尾和 5'-7甲基鸟苷帽，其结构与mRNA相似，均由RNA聚合酶II合成[4]。Lnc RNA可以折叠成多种二级结构，从而促进其与DNA、RNA和蛋白质的相互作用。根据基因组的位置可以将lncRNA分为基因间lncRNA、内含子lncRNA和反义lncRNA。其中，基因间长链非编码RNA位于编码或非编码基因之间；内含子长链非编码RNA位于蛋白编码基因的内含子中；反义长链非编码RNA则是从编码基因的相反链转录而来，其转录起始位点位于宿主基因的下游，转录本通常与相应mRNA序列有重叠[5]。……