CENPW在泛癌中的免疫及甲基化相关性生物信息学分析

侯青 崔衍东 崔晓晗

摘要：本研究拟通过生物信息学的方法探究CENPW蛋白是否可以应用于泛癌的诊断、治疗及预测患者预后情况。

关键词：着丝粒蛋白W;泛癌 ;生物信息学;免疫;甲基化

【中图分类号】R-1  【文献标识码】A  【文章编号】1673-9026（2020）09-179-02

作为困扰人类多个世纪的致命疾病，癌症正逐渐成为全球范围内最常见的死亡原因之一，其发病率和死亡率仍在逐年快速增长[1]。据估计，2018年全世界有超过1810万例新癌症病例，超过960万例与癌症相关的死亡。迄今为止，早期诊断和治疗仍然是提高许多癌症的预后甚至治愈的最有效方法。但是，对于晚期癌症患者，应用分子靶向治疗或免疫治疗在内的多种治疗均未取得令人鼓舞的结果。因此，发现可以早期诊断和治疗肿瘤的有效生物标志物将有效改善患者的预后。

1.1临床相关性和预后分析

根据基因表达谱数据，将所有患者分为CENPW表达高和CENPW表达低的患者。使用Kaplan-Meier生存曲线比较高和低KIF20A表达组之间的预后差异，包括：总生存期（Overall survival，OS），疾病特异性生存期（Disease-specific survival，DSS），无病间隔（Disease-free interval，DFI），无进展间隔（Progression-free interval，PFI）。此外，临床相关的的信息也被用来分析这两组之间的临床相关差异。数据阈值均被设置为P <0.05。

1.2CENPW分析肿瘤突变负荷，微卫星不稳定性和肿瘤微环境

使用perl代码计算33种肿瘤样品的肿瘤突变负荷得分。使用Spearman分析确定泛癌中CENPW与肿瘤突变负荷之间的相关性。微卫星不稳定性的数据以“bam”文件的形式从TCGA下载。同时，分析了CENPW与微卫星不稳定性之间的相关性。然后，利用ESTIMATE软件包计算33种肿瘤的基质和免疫评分。……