鸡HDLBP 基因SNP 鉴定及其与蛋用性能关联分析

2021-01-21 09:18:42莫长欢王孝忠皮劲松龚炎长
湖北农业科学 2020年24期
关键词:关联分析

黄 涛,程 璐,莫长欢,王孝忠,申 杰,皮劲松,龚炎长

(1.湖北省农业科学院畜牧兽医研究所∕湖北省农业科技创新中心∕动物胚胎与分子育种湖北省重点实验室,武汉 430064;2.华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,武汉 430070;3.宜昌市畜牧兽医中心,湖北 宜昌 443000)

高密度脂蛋白结合蛋白(HDLBP),最初被认为是HDL 受体,位于细胞表面[1,2]。研究表明,大部分Vigilin 也存在于细胞质中[3-5]。有报道HDLBP 深入参与了多种生物过程,如固醇代谢[1,6-8]、致癌过程[9,10]、翻译调控[11,12]、异染色质的形成[5,13,14]、tRNA的核输出[15]、RNA 的胞质转运[16]和特定mRNA 的代谢[17-19]。

极低密度脂蛋白(VLDL)和卵黄蛋白原(VTG)从肝脏分泌到血管中,并转移到卵巢以满足卵泡生长和发育的要求[20,21]。研究表明,HDLBP 通过调节载脂蛋白B∕Apob mRNA 的翻译来调控VLDL 分泌[22],提示HDLBP 可能是调控产蛋的候选基因。鸡的HDLBP 基因定位于9 号染色体,包含29 个外显子,其编码两个转录本,分别命名为HDLBP-201、HDLBP-202(http:∕∕asia.ensembl.org∕index.html)。本研究分析鸡HDLBP基因编码区多态性及与蛋用性能的关联性,探究卵泡颗粒细胞中HDLBP 扮演角色。

1 材料与方法

1.1 性状数据收集

采集的血样来源于欣华鸡。在青年鸡开产后,记录33 周龄产蛋数。此外,第42 周龄时对每只鸡连续收集3 枚蛋,用于蛋品质测定,测定指标包括鸡蛋重量(EW)、蛋黄重(YW)、哈克单位(HU)、蛋黄颜色(YC)。

1.2 SNP 鉴定与分型

对采集的血样用传统酚氯仿方法抽提DNA,然后用于HDLBP(基因ID:395984)的聚合酶链式反应(PCR)扩增和PCR-RFLP 基因分型,引物序列如表1 所示。10 μL PCR 反应体系包括5 μL 2×TaqPCR Master Mix、0.5 μL gDNA 模板(50 ng∕μL)、3.5 μL ddH2O 和上、下游引物(10 pmol∕μL)各0.5 μL。

使用1.5% 琼脂糖凝胶检测PCR 产物,并将其送至武汉擎科创新生物科技有限公司进行测序。……

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