基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析

鲍 伟，韩姣姣，张旨轩，芦晨阳，周 君，明庭红，李 晔，苏秀榕,*

（1.宁波大学 农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室，浙江 宁波 315211；2.宁波大学海洋学院，浙江 宁波 315832；3.宁波大学食品与药学学院，浙江 宁波 315832）

自古以来，中国就有谷物、蔬菜、牛奶、肉类、茶叶和豆类在内的一系列原料的发酵产品，如白酒、陈醋、酸菜和酱油，除此之外，还有一些地方发酵产品，如浙东地区的宁波三臭（臭冬瓜、臭苋菜梗和臭菜心）、广东南雄的酸笋和长沙臭豆腐等。微生物发酵不仅延长食品的保质期，还在口感、风味和营养方面赋予了食品其他特性。发酵食品中有古生菌、细菌、真菌等多种微生物，其检测方法还基于体外培养，在这种状态下许多微生物通过培养基无法被检测到[1]。

高通量测序技术能同时检测可培养和不可培养微生物，可广泛应用于微生物群落的组成和变化分析[2-3]，其快速发展同时也促进了基因组学技术在传统发酵食品微生物研究中的应用[4]。魏本良等[5]利用Illumina HiSeq测序平台对西北地区特色发酵食品浆水中细菌16S rRNA基因V3-V4区进行测序，发现其优势发酵菌为发酵乳杆菌（Lactobacillus fermentum，33.39%）、乙醇片球菌（Pediococcus ethanolica，21.13%）和L. parafarraginis（13.28%）；宁亚丽等[6]利用高通量测序技术解析出朝鲜族传统米酒中的优势细菌属为Lactobacillus和肠杆菌属（Enterobacter），优势真菌为酿酒酵母和伯顿丝孢毕赤酵母（Pichia burtoni）；自然发酵豆腐乳清的优势菌为Lactobacillus、Enterobacter、芽孢杆菌属（Bacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）和Picha等[7]；郫县豆瓣在发酵过程中的优势菌群为葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、Pediococcus、Lactobacillus、棒状杆菌属（Corynebacterium）和Bacillus[8]。此……