全基因组关联分析在蔬菜育种研究中的应用

曾美娟 刘建汀 卓玲玲 陈敏氡 叶新如 王 彬 朱海生 温庆放

（福建省蔬菜遗传育种重点实验室，福建省农业科学院作物研究所，福建省蔬菜工程技术研究中心，福建福州 350013）

随着20 世纪80 年代初基于DNA 的分子标记和80 年代末先进的统计工具的出现，挖掘控制数量性状的基因组区域成为可能。挖掘控制数量性状基因组的方法包括数量性状座位（quantitative trait locus，QTL）区间定位和全基因组关联分析（genome-wide association study，GWAS）。传统的QTL 定位高度依赖于双亲的遗传多样性，检测到QTL 效率因群体而异。QTL 区域也可能相当大，包含太多的基因，很难作为潜在的候选基因进行研究。此外，QTL 定位往往需要构建作图群体，耗时较长且定位精度不高（Rafalski，2010）。GWAS可以在一定程度上克服QTL 分析的局限性，它可以利用自然群体缩小候选区域，同时对多个性状进行分析（Yu &Buckler，2006；Huang &Han，2014），以降低分析误差（曹英杰 等，2019），极大地提高育种效率。全基因组关联分析高效地将表型和基因型进行关联并用于遗传作图和搜寻相关性状候选基因（Gajardo et al.，2015；阙青敏 等，2019），可同时对多个复杂性状进行关联，检测多个等位基因，适用于定位性状关联区间，功能基因研究，开发性状选育标记等，具有高分辨率和高通量等优点，在蔬菜育种研究中的应用日益广泛。全基因组关联分析在揭示蔬菜复杂性状的分子机理和蔬菜分子育种中起到重要的作用（李廷雨 等，2020）。

1 全基因组关联分析

1.1 概述

全基因组关联分析是近年来兴起的遗传分析方法，其以连锁不平衡（linkage disequilibrium，LD）为基础，通过识别数……