苦荞全基因组SSR位点特征分析与分子标记开发

马名川 刘龙龙 刘 璋 周建萍 南成虎 张丽君

（山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室，030031，山西太原）

苦荞（Fagopyrum tartaricum L. Gertn）属蓼科（Polygonaceae）荞麦属（Fagopyrum Mill），起源于我国，主要分布在我国西南地区和高海拔地区[1]。苦荞具有生育期短、抗逆性强、耐旱和耐瘠薄等特性，可作为应对干旱形势的备荒作物[2]。苦荞营养全面，尤其富含一般作物没有的芦丁和槲皮素等黄酮类物质，具有降糖降脂和抗氧化等功效，使其成为集营养、保健和治疗于一体的“食药兼用”的珍品[3]。

简单重复序列（simple sequence repeats，SSR）也称微卫星DNA（microsatellites DNA），是一类由1～6个核苷酸为单位在基因组中多次串联重复的DNA序列[4]。SSR分子标记数量丰富、多态性高、共显性，并且具有成本低和操作简便等优点，在植物遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位与克隆等方面得到广泛应用，是目前最常用的分子标记技术之一[5]。

与水稻、小麦、玉米和大豆等主要作物相比，荞麦分子标记方面的研究起步较晚。从利用AFLP[6-8]、RAPD[9-12]和SRAP[13]等第一代分子标记进行荞麦的分子遗传分析，到开始利用SSR分子标记分析荞麦遗传多样性、构建核心种质和绘制连锁图谱，荞麦的分子标记研究已经取得了一些进展。Iwata等[6]开发的5对SSR标记在日本甜荞中具有较高的多态性。Konishi等[14]用开发的54对SSR引物对甜荞居群的遗传变异进行检测。Ma等[15]开发了136对SSR引物，其中10对效应显著，41对可有效鉴别栽培荞麦和野生荞麦的亲缘关系；……