溶藻弧菌群体基因组学研究

郑宏源，闫琳，杨超,3，武雅蓉，秦婧靓，郝彤宇，杨大进，郭云昌，裴晓燕，赵彤言，崔玉军

研究报告

溶藻弧菌群体基因组学研究

郑宏源1，闫琳2，杨超1,3，武雅蓉1，秦婧靓1，郝彤宇1，杨大进2，郭云昌2，裴晓燕2，赵彤言1，崔玉军1

1. 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所，北京 100071 2. 国家食品安全风险评估中心，北京 100022 3. 深圳市疾病预防控制中心，深圳 518055

溶藻弧菌()是一种能够对人类以及鱼、虾、贝类等水产品致病的弧菌，给人类健康带来威胁，也给水产养殖业造成巨大的经济损失。目前该物种基于全基因组的遗传多样性和重要遗传元件研究报道较少。本研究对采集自全国4个省份的68株溶藻弧菌进行高通量测序，获得全基因组序列，并结合113株公开发表的全球序列数据，利用fineSTRUCTURE软件、VFDB毒力因子库和CARD、ResFinder耐药数据库，对溶藻弧菌的种群结构和毒力、耐药因子分别进行解析。结果表明：溶藻弧菌可分为谱系1和谱系2。两个谱系在美洲和亚洲均有分布，但欧洲仅分离到谱系1菌株；共鉴定发现12个克隆群，其中一个克隆群内菌株存在跨洋传播现象。该物种携带、、等多种不同功能的毒力因子；毒力因子在两个谱系间的分布无特异性，但存在地域间差异：其中欧洲菌株携带、、和的比率低于其他地区，而基因的携带率则明显高于其他地区，我国广西菌株中基因携带率低于其他省份，且不携带。多个基因组携带、、、、、和等与多种抗生素耐受相关的基因，其中和基因在谱系2中的出现频率远高于谱系1；……