基于全基因组测序对双重耐药幽门螺杆菌外排泵基因变异的研究

叶淑芳,张剑美,代 飞,蓝陈菊,章小君,周丽珍,汤清清,孟 飞

叶淑芳,张剑美,代飞,蓝陈菊,章小君,周丽珍,丽水市人民医院消化内科,浙江省丽水市 323000

汤清清,孟飞,杭州致远医学检验所有限公司,浙江省杭州市 310000

0 引言

幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染存在于50%以上的世界人口,并已证实它与慢性胃炎、消化性溃疡等多种上消化道疾病相关[1].克拉霉素和左氧氟沙星是H.pylori根除治疗的常用药物,但是随着抗生素的广泛使用,克拉霉素及左氧氟沙星等的耐药率越来越高,抗生素耐药成为H.pylori感染患者根除失败的主要原因[2].

H.pylori对克拉霉素耐药已经证实与23S rRNA的结构域V区肽基转移酶中的点突变相关[3],最常见的突变是位置A2142G和A2143G.H.pylori对喹诺酮耐药主要是由于gyrA喹诺酮类药物耐药决定区基因发生突变,gyrA基因主要有下列两种突变(Asn87,Asp91)[4].此外,目前有不少研究报道外排泵基因过表达可以增加菌株的耐药性的[5,6].在肠杆菌科细菌中,最常见的外排泵为耐药结节化细胞分化家族(resistance nodulation cell division family,RND),而该家族中研究较深入的就是AcrAB-外膜蛋白(outer membrane proteins,OMP)ToIC参与的外排泵系统.ToIC可以与许多内膜转运体结合,参与几乎所有的抗生素外排过程,因此对细菌的耐药性及临床治疗都有重要影响[7,8].

与常规方法相比,二代测序可提供有关细菌基因组信息的深入信息.这些技术全面追踪抗生素耐药性菌株的基因组信息,能促进临床对感染患者进行特异性和合理治疗.

在本研究中,我们首先通过呼气试验及药敏试验筛选出10例H.pylori菌株,包括……