基于TCGA数据库分析非小细胞肺癌SERPINA1、FHIT甲基化水平及临床意义

王佳卉，李 宁，孙娴雯，林莹妮，丁永杰，宋鹤杰，李庆云

（上海交通大学医学院附属瑞金医院呼吸与危重症医学科上海交通大学医学院呼吸病研究所，上海 200025）

肺癌是目前我国乃至全世界范围内发病率及死亡率较高的恶性肿瘤之一[1]，其中85%为非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC），主要包括肺腺癌（lung adenocarcinoma）和肺鳞癌（lung squamous-cell cancer）。 表观遗传学修饰与肿瘤发生、发展密切相关。 研究发现，肺癌合并慢性阻塞性肺疾病（chronic obstructive pulmonary disease, COPD）组α1-抗胰蛋白酶（alpha 1 antitrypsin，AAT）水平较COPD 组明显升高[2]。 丝氨酸蛋白酶抑制剂家族A成员1（serine protease inhibitor A1, SERPINA1）是编码AAT 的基因序列，AAT 属于SERPIN，是一种急性期蛋白，其表达异常与多种肿瘤的发生、发展有关。脆性组氨酸三联体（fragile histidine triad，FHIT）基因属于组氨酸三联体超家族，与基因不稳定性、凋亡及DNA 损伤有关[3]。 SERPINA1 和FHIT 基因甲基化可能与NSCLC 有关，但大样本研究尚不多见。 因此，本研究拟基于TCGA 数据库分析NSCLC肿瘤组织SERPINA1 及FHIT 的甲基化状态及其与临床特征的相关性。

材料与方法

一、材料

使用TCGA 数据库（level 3-4）的肺腺癌和肺鳞癌的临床数据（更新截至2013年8月）、mRNA 数据和450K 甲基化芯片数据（Illumina 450K）。

二、方法

使用GEPIA 网络服务器[4]比较肺腺癌、肺鳞癌肿瘤组织和癌旁对照组织SERPINA1、FHIT 的mRNA 表达水平及其与NSCLC 患者总生存期的关系。 通过R 语言RTCGA 工具包[5]下载NSCLC 患者的临床数据。 通过cBioPortal 网络工具（http：//www.cbioportal.org） 下载NSCLC 肿瘤组织与SERPINA1（828 例）、FHIT（534 例）基因具有统计学意义且表达负相关最强的甲基化探针的β 值。 通过MEXPRESS 网络工具确定cg 位点信息以及Pearson 相关系数[6]。根据患者的样本ID 匹配对应的甲基化数据和临床信息。 分别根据疾病类型和甲基化cg 位点分组，分析NSCLC 患者的吸烟史、TNM 分期等临床信息与SERPINA1 及FHIT 基因甲基化状态的关系。……