基于内源性竞争性网络的Ⅰ型、Ⅱ型子宫内膜癌关键长非编码RNA和微小RNA分析

袁 霜， 王丽华

（上海交通大学医学院附属国际和平妇幼保健院上海市胚胎源性疾病重点实验室，上海 200030）

子宫内膜癌（endometrial carcinoma，EC）发生于子宫内膜，是常见的妇科肿瘤之一。统计资料显示，2018年全球约有38万名女性患EC，约有9万人死于EC[1]。EC通常基于其对雌激素的依赖性分为2种类型：Ⅰ型和Ⅱ型。Ⅰ型EC对雌激素的依赖性增加，而且预后良好，占EC的70%～80%。相比之下，Ⅱ型EC通常预后较差，经手术治疗后，5年内复发率仍有10%～15%，预后差且生存期短[2]。因此，EC分型相关的潜在分子标志物的鉴定对于临床决策至关重要。

在非编码RNA中，目前最受关注的是微小RNA（microRNA，miRNA）和长非编码RNA（long noncoding RNA，lncRNA）。有研究表明，miRNA通过反应元件（microRNA response element，MRE）促进降解并抑制靶标mRNA的翻译[4]，lncRNA可以参与mRNA的转录和转录后调控[5]。miRNA和lncRNA在癌症的发生和发展中相互作用，影响肿瘤转归，并表现出一定的诊断和预后价值。2011年，SALMENA等[16]率先提出了内源性竞争性RNA（competitive endogenous RNA，ceRNA）的假设，认为在转录后水平上存在一个复杂的调控网络，并且所有类型的RNA转录本都可作为天然海绵通过共享至少1个MRE限制miRNA的功能。先前的研究已经证实，lncRNA-miRNA-mRNA调控网络在EC的发生和发展中具有至关重要的作用[7]。为此，本研究拟探讨lncRNA、miRNA和ceRNA网络在EC分型中的作用。

1 材料和方法

1.1 数据收集和差异基因筛选

从TCGA数据库（https：//portal.gdc.cancer.gov/）获得lncRNA、mRNA（407份Ⅰ型EC组织和136份Ⅱ型EC组织）和miRNA（407名Ⅰ型EC组织和131份Ⅱ型EC组织）表达谱以及临床数据。从GEO数据集GSE17025（79例Ⅰ型EC和12例Ⅱ型EC）和GSE25405（20例Ⅰ型EC和21例Ⅱ型EC）中下载lncRNA、mRNA和miRNA相关数据。

1.2 差异基因筛选

为了分析Ⅰ型与Ⅱ型EC之间差异性表达的mRNA、lncRNA和miRNA，本研究通过R包GDCRNATools v1.2.0对原始数据进行标准化……