CSMD1突变在食管癌预后及浸润免疫细胞中的价值

向玲，彭玲珑

(重庆医科大学附属第二医院，重庆 400000)

0 引言

食管癌是一种发生率及死亡率较高的肿瘤，免疫治疗对食管癌的治疗价值有限[1]。肿瘤突变负荷是指每百万个碱基中检测到的体细胞基因编码错误、基因插入、缺失及替代的碱基总数[2]。在癌症的发生和发展过程中，大量的体细胞突变积累在肿瘤细胞中产生新抗原，这种新抗原可以被患者的免疫系统识别[3]。因此，肿瘤突变负荷可作为肿瘤免疫治疗应答反应的独立生物标志物[4]，但是，目前尚不清楚与肿瘤突变负荷相关高突变频率的基因在食管癌预后及浸润免疫细胞中的作用。本研究拟系统性评估肿瘤突变负荷相关基因在食管癌预后及浸润免疫细胞中的价值。

1 方法

1.1 数据采集

美国食管癌患者的转录组数据、体细胞突变数据以及临床数据来源于TCGA数据库(http：//portal.gdc.cancer.gov/projects)。中国食管癌患者的体细胞突变数据来源于ICGC(http：//dcc.icgc.org/releases/current/Projects)数据库。

1.2 肿瘤突变负荷的定义

肿瘤突变负荷为每兆碱基中引起氨基酸变化的突变碱基总数。通过肿瘤突变负荷的计算公式计算每个TCGA食管癌样品中肿瘤突变负荷的表达值[2]。

1.3 生物信息学分析

生物信息学分析均通过R软件(v4.0.2)完成。使用Perl软件分别提取了TGCA和IGGC数据库中突变频率最高的30个基因。通过R包“venn”在获取两个数据库中的高突变频率的交叉突变基因。使用R包“ggpubr”评估并可视化这些交叉突变基因与TMB之间的关系。使用CIBERSORT反卷积算法，将过滤条件设置为P＜0.05，获得每个TCGA数据库中食管癌样品的免疫细胞比例的矩阵数据。……