基于RNA-seq结果开发猪SSR标记

李文霞，吴怡琦，杨 帅，张燕伟，路 畅，杨 阳，蔡春波，高鹏飞，郭晓红，李步高，曹果清

(山西农业大学动物科学学院，太谷 030801)

微卫星标记，又称简单序列重复(simple sequence repeat, SSR)或短串联重复序列(short tandem repeat, STR)，主要分布于真核生物基因组，原核生物基因组中也偶有发现[1-2]。SSR标记由核心序列与侧翼序列组成，核心序列为1～6个核苷酸串联重复，重复次数为10～20次左右，如(AC)n、(CT)n、(TAT)n等；侧翼序列位于核心序列两侧，属于保守的特异单拷贝序列，使微卫星特异地定位于基因组特定部位[3]。Schlötterer和Tautz[4]认为，SSR因核心序列重复次数的改变而显现出高度变异性。SSR作为常见的分子遗传标记，具有数量大、分布广泛、检测便利及信息含量高等特点，在遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、亲子鉴定等方面具有积极的应用价值[5-7]。李军成等[8]对高原小型蕨麻猪进行遗传检测，结果发现9个微卫星位点的平均等位基因数为6.11，平均杂合度为0.731 9，平均多态信息含量为0.765 9。牛荣等[9]利用35个微卫星位点对版纳小耳猪的5个家系进行遗传检测，结果发现，各家系均已构成独立的遗传群体，其基因多态性和遗传多样性相比于普通商品猪较低。Rębaa等[10]利用16个SSRs标记通过对数似然比方法成功鉴别了欧洲野生与家养猪种。Lin等[11]利用13个四核苷酸重复的SSR标记和1个性别鉴别基因构建了猪DNA鉴定系统，该系统可用于猪个体识别、亲子鉴定及其他遗传育种试验。

开发SSR标记对于猪遗传多样性研究、特定性状辅助育种及遗传图谱绘制等多个方面具有重大意义。传统SSR标记的开发是通过构建基因组文库进行筛选，过去大多数微卫星序列均是利用该方法获取的。……