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研究人员完成燕麦基因组草图绘制

近日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心、中国科学院—英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心韩斌院士团队与英国约翰英纳斯中心研究团队合作完成了禾本科、燕麦属一年生草本植物二倍体燕麦Avena strigosa基因组序列草图的绘制，并完整地解析了抗微生物防御化合物燕麦素的生物合成基因簇。5 月7 日，相关研究成果在线发表于《自然—通讯》。

真核生物中非随机组织的基因在基因组进化和功能中起着重要作用。绝大多数真核生物基因组中并没有操纵子，但它们又的确包含了一些序列不相关而功能相关并且在物理位置上成簇存在的基因。这些“类操纵子”基因簇中，最引人注目的例子就是植物体内合成特殊代谢产物的基因簇。已有证据表明，这些cluster 途径并不是通过微生物水平基因转移而产生，但目前人们对其真实的形成机制却知之甚少。燕麦素是燕麦属中特异存在的一类抗微生物防御化合物，其生物合成途径也是最典型的植物生物合成基因簇之一。

韩斌团队选用了能在根尖特异合成燕麦素的二倍体燕麦物种Avena strigosa，运用三代测序技术Nanopore 并辅助光学图谱技术BioNano DLS，以及Hi-C染色体构象捕获技术成功完成了该燕麦基因组高质量染色体级别组装，组装基因组3.53Gb，scaffold N50 高达73.4 Mb。燕麦基因组中重复序列大约占基因组的81.1%，结合从头预测、同源蛋白信息以及转录组数据共注释了34928 个高可信度基因。……