化学生物学教学中引入PDBsum蛋白数据库的探索*

赵仲麟，刘小花，白海鑫，顿文涛，袁 超

(河南农业大学，河南 郑州 450002)

化学生物学是化学与生物科学融合产生的新兴学科，其发展可以更好地解决人类疾病和健康等热点问题。当前，国家将生命科技的发展列为重点研究计划，这不仅是基础科学发展的需要，也是我国占领世界科研阵地所必须加强的方向。面对科技飞速发展的今天，广大高校教师在本科和研究生教学中面对着新的挑战，需要使用新的技术方法，特别是利用信息技术、大数据资源整合等方式将课堂内容更好地展现给学生，而不是一味重复书本上老旧的知识内容。

化学生物学教学内容中涉及大量的化合物及其对蛋白质结构和功能的影响[1]，ChemBank[2]和DrugBank[3]等数据库都是很好的小分子数据库资源，但是对应的，教师还要向学生介绍这些小分子对蛋白质的作用，就需要对蛋白质的3D结构进行分析。河南农业大学探索在化学生物学课程中引入蛋白质数据库PDBsum，对蛋白质3D结构进行分析，将这部分信息化数据资源在教学中展示给学生，增强其动手能力。

1 PDBsum蛋白质结构数据库简介

PDBsum（http://www.ebi.ac.uk/pdbsum）是一个提供蛋白质三维结构的图形数据库，其中包括大量蛋白质结构数据[4]。该网站主要描绘的是蛋白质、DNA和配体的结构特征，以及它们之间的相互作用。在教学中向学生介绍该网站的最新功能，包括对人类蛋白质序列及其天然氨基酸变体的注释、显示相关蛋白质结构域结构之间关系的动态图、不同实验测定同一蛋白质的配体结合分析、蛋白质隧道分析和新的搜索选项等内容。……