球状轮藻叶绿体全基因组的组装与特征分析

方 琰， 胡莎莎， 张冬群， 吕 婕， 李 锐， 卿人韦， 兰利琼

(四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室， 成都 610065)

1 引 言

轮藻(Charophytes)是一种广布全球的大型水生藻类，形态高度分化，拥有与陆地植物最近的亲缘关系，两者共同构成链型植物门[1](Streptophytes).由于轮藻在植物进化史中的特殊分类地位，其可将其作为植物从水生到陆生环境的一种过渡适应机制模型[2]，轮藻对生境水质要求较高，可作为一种生物指示剂[3].近年来，由于环境污染问题日益加剧，轮藻被许多国家纳入濒危物种名录[4-5]，然而我国对轮藻的研究和保护还未得到充分重视.

现生轮藻科(Characeae)分为轮藻族(Chareae)和丽藻族(Nitelleae).如今基于形态和系统发育分析的分类矛盾争议点大多集中在种属间，如通过传统的形态学观察只能根据雌雄同株或异株来区分球状轮藻(Charaglobularis)和弧枝轮藻(Characonnivens)两个种.Schneider等人[6]在系统分类研究中均发现利用单一叶绿体基因matK对二者无法进行有效区分；Nowak等人[7]通过2个核基因18S rDNA, ITS1和3个叶绿体基因rbcL,atpB,matK的联合数据对瑞典14种轮藻属植物进行系统发育关系研究，并结合形态学分类对比分析表明，种间遗传分化程度较低，物种的界定非常不明确，形态分类和分子分类结果存在冲突；Wood的传统分类学认为灯枝藻属是轮藻属和丽枝藻属的姐妹群，拟丽藻属与前三者相比关系较远，但任玲萱等人通过对轮藻科植物18S rDNA、rbcL、atpB联合聚类分析表明，灯枝藻属与拟丽藻属具有很强的亲缘关系，与传统分类学观……