基于计算机分子模拟技术的PD-1单克隆抗体的抗原表位预测及初步验证

郝伟，范冬梅 ，袁向飞，卢杨

1 中国医学科学院血液病医院（中国医学科学院血液学研究所）实验血液学国家重点实验室国家血液系统疾病临床医学研究中心 天津市血液病细胞免疫治疗重点实验室，天津300020；2 天津大学中西医结合医院，天津大学

抗原与抗体的相互作用是机体产生免疫防御的核心［1］。抗体是B 细胞接受抗原刺激后增殖分化为浆细胞所产生的糖蛋白，主要存在于血清中，可与相应抗原特异性结合介导体液免疫，发挥免疫功能［2］。抗体与抗原互相识别的区域称为互补决定区（CDR），或称表位［3-4］。线性表位由相邻顺序排列的氨基酸构成，构象表位由空间相互靠近的若干氨基酸残基构成［5］。随着现代技术的不断发展，抗原－抗体复合物的解析技术不断完善，蛋白质结构数据库中包含的抗原—抗体复合物结构数据不断增加，可以运用计算机软件辅助模拟抗原抗体互相识别位点及作用方式［6-7］。抗原表位的变化可显著影响抗体与其结合能力，因此抗原表位的预测是研究者关注的焦点。本研究通过计算机构建前期筛选得到的鼠源程序性细胞死亡受体1（PD-1）单克隆抗体三维空间结构，利用不同模式优化模拟抗体结构，用重叠肽段覆盖整个抗原序列来判定抗原表位，使用分子对接程序初步揭示抗原抗体识别特征。

1 材料与方法

1.1 细胞与主要实验材料 小鼠成纤维细胞3T3、人急性T 淋巴细胞白血病细胞系Jurkat、人B 细胞淋巴瘤细胞系Raji、小鼠骨髓瘤细胞SP2/0 均由本实验保存。……