生物信息学方法鉴定与肾透明细胞癌预后相关的关键基因△

何天基，陈翔，王伟，刘峰，蔡孟会，石海林#

1广西医科大学附属柳州市人民医院泌尿外科，广西 柳州 545006

2桂林医学院附属医院泌尿外科，广西 桂林 541001

肾癌是常见的泌尿系统恶性肿瘤之一，据预测2021 年美国将发生约76 080 例肾癌病例，其中死亡病例约13 780 例，而肾透明细胞癌（kidney renal clear cell carcinoma，KΙRC）约占肾癌的85%。早期KΙRC 患者的生存率超过75%，但由于解剖位置隐蔽、患者认知等因素影响，多数患者在确诊时已发生转移，而Ⅳ期患者的生存率﹤10%。既往对KΙRC 的研究多涉及单个基因，但随着研究的深入，单基因单疾病理论难以解析肿瘤的发生及发展，并且KΙRC 存在较大的异质性，靶向治疗的效果在不同患者中差异很大，对个体治疗药物的选择是临床实践中的一个巨大挑战。因此，对KΙRC 患者的基因特征进行系统分析以确定KΙRC新的生物标志物是非常必要的，这不仅有利于提高KΙRC 的诊断率，还能够为KΙRC 的治疗提供新的药物靶点。加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis，WGCNA）是在复杂数据中快速提取出与样本特征相关的基因共表达模块，计算基因之间的表达相关性，从而将具有表达相关性的基因聚类到一个模块中，再分析模块与样本特征（包括临床特征、手术方式、治疗方法等）的相关性。本文通过WGCNA 对肿瘤基因图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）及基因 表 达 汇 编（Gene Expression Omnibus，GEO）（GSE66272、GSE3）中的基因表达谱数据进行分析，以期发现KΙRC 发生发展的关键基因及信号通路，为KΙRC 患者的精准治疗提供新的靶点，现报道如下。

1 资料与方法

1.1 数据下载与提取

分别从TCGA（https://portal.gdc.cancer.gov/）和GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds）中 下 载KΙRC 的转录组数据及其对应的临床数据，TCGA中含539 例KΙRC 组织和59 例正常肾组织；……