基于生物信息学检测PRKCD在肝细胞癌中的表达及意义

李莉娟，宋少华，方晓琳，李海舰，曹东林

广东省第二人民医院检验医学部，广东广州 510317

肝细胞癌(HCC)作为最常见的原发性肝癌，因早期诊断不易、治疗方案有限且预后差，故在过去的几十年中，HCC的发病率及其与HCC相关的死亡人数一直有所增加[1]，现已成为全球第二的癌症相关死亡原因，其发病率仍持续上升[2-3]。因此，寻找早期诊断和治疗HCC的靶分子有重要意义。蛋白激酶Cδ(PRKCD)是一种广泛表达的蛋白激酶，参与多种细胞信号途径,是癌症、糖尿病、缺血性心脏病和神经退行性疾病炎性反应的重要调节因子,通过酪氨酸磷酸化、激活机制和多个亚细胞靶点进行调控[4]。本文通过多个数据库对PRKCD的表达水平与HCC的相关性进行分析比较，探讨PRKCD作为HCC新的诊断和治疗靶点的潜在价值。

1 资料与方法

1.1一般资料

1.1.1GEPIA数据库 GEPIA数据库(http://gepia.pku.cn/)是基于TCGA和GTEx的一个癌症数据挖掘网站，通过它可以检测PRKCD在HCC中的具体表达情况[5]。

1.1.2HCCDB数据库 HCCDB数据库(http://lifeome.net/database/HCCDB)包括15个数据集，涵盖大约4 000例临床样本，用于探索HCC基因表达和共表达情况[6]。

1.1.3UALCAN数据库 UALCAN 数据库(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)的数据主要来源于TCGA数据库中的相关癌症数据，可在线对PRKCD在HCC的表达情况进行亚组分析[7]。

1.1.4LinkedOmics数据库 LinkedOmics数据库(http://www.linkedomics)可分析来自TCGA癌症相关的多维数据集[8]。本研究采用Pearson相关系数先对PRKCD共表达进行统计学分析，分析结果为火山图和热图。再以LinkedOmics功能模块进行基因本体生物过程和KEGG通路富集分析。等级标准为FDR<0.05，模拟1 000次。

1.2Kaplan-Meier生存曲线分析 Kaplan-Meier标图仪能够评估54k基因(mRNA、miRNA、蛋白)对21种癌症类型生存率的影响，包括乳腺癌(n=7 830)、卵巢癌(n=2 190)、肺癌(n=3 452)和胃癌(n=1 440)。……