奶牛乳房炎关联微生物群落结构及多样性检测

张皓淳

(辽宁省农业发展服务中心，辽宁 沈阳 110034)

奶牛的乳房一旦出现病症，会直接影响牛奶品质。一般来说，奶牛乳房炎多由机械性刺激、病原微生物侵入以及化学、物理性损伤引发，因此通过高通量测序技术进行检测，分析关联微生物群落结构及多样性，有助于从分子学角度确定诱因，从而“对症下药”。1 材料和方法

1.1 仪器设备的选用

运用高通量测序技术检查奶牛乳房炎关联微生物群落结构及多样性，选用的设备如下：美国Sigma公司生产的Sigma3-18K离心机、美国Labnet公司生产的Labnet 230VEU涡旋仪、美国ABI公司生产的ABI 7200 PCR仪、美国Thermo公司生产的Nanodrop ND1000分光光度计、北京TIANGEN公司生产的PCR Master Mix、德国Qiangen公司生产的QIAquick Gel Extraction Kit。

1.2 检测方法及流程

1.2.1 样品采集及预处理。为了使测试结果具备对照效果和足够的说服力，从某奶牛牧场选取了患有乳房炎的奶牛，对其乳头进行擦拭，获取样品。同时对该奶牛所产牛奶也进行样本收集。首先，在进行样本擦拭收集时，需要考虑样本中微生物的活性，因此使用无菌棉签，蘸少量具备灭菌功能的生理盐水，对奶牛的乳头进行擦拭，获得样本后密封入无菌存储管中；其次，对奶牛乳头进行清洁处理后，挤出牛奶，同样密封入无菌存储管中。为了保证实验的客观性，共收集患病奶牛奶头擦拭样本9个，其序号分别为HB1～HB9，由患病奶牛所产牛奶样本5个，编号为HBN1～HBN5；同时收集未患病且身体健康的奶牛奶头擦拭样本两个，序号为ZC1～ZC2；正常牛奶样本两份，序号为ZCN1～ZCN2。为了保持样本中微生物活性及其他成分不会发生变化，从牧场到实验室的过程中，所有样本均存放在-80℃的冰箱内。……