猪源副流感病毒5型SH毒株全基因组测序及分析

姜宁，郭禹汐，李春秋，苏明俊，孔凡志，孙东波

黑龙江八一农垦大学动物科技学院，黑龙江大庆163319

副流感病毒5型（parainfluenza virus 5，PIV5）为一种不分节段的单股负链RNA病毒，属副黏病毒科（Paramyxoviridae）、副黏病毒亚科（Paramyxovirinae）、腮腺炎病毒属（Rubulavirus）。1956年，PIV5作为原代猴肾细胞培养过程中的污染物被HULL等成功分离，随后被命名为猴病毒5型（simian virus，SV5）。尽管最早于猴肾细胞中被发现，但并无充分资料证明PIV5为猴源病毒［1］。因此，该病毒于2009年被国际分类委员会重新命名为PIV5，随后又更名为哺乳动物腮腺炎病毒5型［2］。

PIV5病毒粒子直径在50~200 nm之间，镜下观察多呈圆形或多形性。其基因组在副黏病毒中最小，长15 246 nt［3］。从3′到5′端分别为NP、V／P、M、F、SH、HN和L基因。目前PIV5广泛存在于自然界，大量物种被证实为其宿主［4-6］。本研究对本实验室保存的一株猪源PIV5 SH毒株进行全基因组测序及遗传进化分析，旨在丰富PIV5的分子生物学信息，为其后续研究奠定理论基础。

1 材料与方法

1.1 病毒、载体及菌株PIV5-SH毒株由黑龙江八一农垦大学猪病防制实验室保存；pGM-T载体购自天根生化科技（北京）有限公司；E.coliDH5α感受态细胞购自博迈德生物技术有限公司。

1.2 主要试剂 病毒RNA提取试剂盒和DNA凝胶回收试剂盒购自天根生化科技（北京）有限公司；RNA酶抑制剂、dNTP、反转录酶和2×premix预混液购自近岸科技（上海）有限公司；Ex Taq超保真聚合酶、DNA marker DL2000和琼脂糖购自TaKaRa生物技术（大连）有限公司。

1.3 引物设计及合成 根据GenBank中登录的猪源PIV5 KNU-11毒株（GenBank登录号：KC852177）基因组序列，使用Primer Premier 5.0软件设计10对引物（表1），引物由哈尔滨博仕生物技术有限公司合成。

表1 PIV5全基因组引物Tab.1 Primers for complete genome of PIV5

1.4 病毒基因组克隆及测序 用病毒RNA提取试剂盒提取病毒基因组RNA，使用随机引物反转录合成cDNA，以其为模板扩增各基因片段。……