基于生物信息学方法分析MUC1基因在卵巢癌中的表达及意义

林少冲，徐丽达，杜俊鹏，王凯，王宝金

(1.郑州大学第三附属医院 妇科，河南 郑州 450052；2.河南省卵巢恶性肿瘤国际联合实验室，河南 郑州 450052；3.同济大学附属第一妇婴保健院 转化医学研究中心，上海 201204)

卵巢癌是妇科最常见的恶性肿瘤之一，具有起病隐匿、易转移、复发率高和高度耐药等恶性生物学行为[1-2]。手术切除及术后辅助化疗使部分卵巢癌患者从中获益，但是卵巢癌患者的5 a总体生存率仍不理想[3]。近年来，靶向治疗及免疫治疗在多种肿瘤治疗中展现出巨大的优势，如PD-1抑制剂可以阻断免疫检查点PD-1，激活免疫系统产生肿瘤免疫应答，已用于癌症治疗中[4]。MUC1在临床研究和肿瘤基础研究领域一直备受关注。本研究旨在分析MUC1在卵巢癌中的表达水平及意义，为以MUC1为靶点的卵巢癌免疫治疗策略提供新的参考。

1 材料与方法

1.1 GEPIA数据库筛选条件如下。(1)“gene: MUC1”。(2)“Expression DIY: Boxplot”。(3)“Datasets selection: OV”。检索MUC1转录组水平变化。

1.2 HPA数据库利用人类蛋白图谱数据库(the human protein atlas，HPA)比较卵巢癌组织和正常卵巢组织中MUC1蛋白表达情况。

1.3 LinkedOmics数据库检索步骤如下。(1)cancer type database：卵巢癌TCGA数据集。(2)data type：mRNA expression(RNA seq)。(3)选择基因MUC1并应用pearson correlation test分析，得到与ESPL1正负相关的基因。(4)进行GSEA分析(GO生物功能和KEGG通路富集分析)。将得到的正负相关基因进行Cmap分析寻找潜在小分子药物。

1.4 Kaplan-Meier 生存分析利用Kaplan-Meier Plotter 数据库进行生存分析。筛选条件如下。(1)“Cancer：Ovarian Cancer”。(2)“Gene：MUC1”。(3)“Survival：OS和FPS”。

1.5 统计学方法采用SPSS 22.0统计软件处理数据。卵巢癌组织与正常组织表达差异的比较，采用t检验。MUC1表达与卵巢癌预后的关系采用Kaplan-Meier生存分析。P<0.05为差异有统计学意义。

2 结果

2.1MUC1基因在肿瘤中的表达概况首先，利用GEPIA数据库探究MUC1基因在33种常见肿瘤中的表达情况。……