鳗弧菌(Vibrio anguillarum)核酸适配体筛选中高频序列的进化多样性研究*

许 净 刘慧敏 林筱钧 郑 江,,3① 江兴龙,鄢庆枇 范云庭 汤学敏

(1. 集美大学水产学院 厦门 361021; 2. 鳗鲡现代产业技术教育部工程研究中心 厦门 361021; 3. 福建省水产生物育种与健康养殖工程研究中心 厦门 361021; 4. 福建省特种水产配合饲料重点实验室 福清 350308)

核酸适配体是通过指数富集配体的系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment), 即SELEX 筛选技术, 获得的对靶目标有较好亲和特异性的寡核苷酸分子(Ellingtonet al,1990)。核酸适配体具有靶目标范围广、体积小、易合成、亲和力高、特异性强等优点, 在癌症治疗、微生物检测、食品安全等领域中呈现出广阔的应用前景(Hamulaet al, 2011; 于寒松等, 2015; Yazdian-Robatiet al, 2017; Liuet al, 2020)。SELEX 筛选中, 需要对获得的筛选产物进行测序, 然后从测序结果中选择部分序列进行亲和特异性的验证, 亲和特异性较好的序列则被确认为核酸适配体序列。然而, 通过传统克隆测序获得的序列有成百上千条, 通过高通量测序获得的序列更是高达数万条, 因此, 如何从如此众多的序列中精准、高效的选择出相应的候选序列进行核酸适配体的验证, 是一个亟待解决的问题。

高频序列是测序结果中出现的频率大于等于2次的序列, 研究表明, 相当多的高频序列都是在筛选进化中具有竞争优势的序列, 且大概率是对靶目标有较好亲和力的核酸适配体序列(郑江等, 2014), 而高频序列的数量在总序列中的占比常常很低, 因此,对高频序列进行分析研究, 研究其在筛选进化过程中的优势序列及其多样性变化, 将能有针对性地寻找到相应的核酸适配体序列, 从而能够降低筛选的盲目性, 提高筛选的效率。……