基于生物信息学途径食管鳞癌lncRNA预后风险模型的构建

蔡河源，谢春莹，邹健勇，罗红鹤

（中山大学附属第一医院胸外科，广东广州510080）

食管癌是全球最常见肿瘤之一，最新全球癌症统计，其发病率占第11位，而死亡率高居第6位［1］。食管癌按照病理类型分为食管鳞癌（esophageal squamous cell carcinoma，ESCC）和食管腺癌（esoph⁃ageal adenocacinoma，EAC）。在我国，ESCC占食管癌的90%左右，且90%病理分期为中晚期［2］，预后非常差，癌症死亡率居第4位［3］，5年整体生存率不到30%［4-6］，亟需寻找新的早期诊断及治疗方法。长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是指长度大于200 bp，且转录后不编码翻译产生蛋白质的一类RNA，参与并调节人体70%的基因的复制，转录，翻译等细胞生物学过程，从而调节机体各 项 生 命 活 动［7-10］。Linc02471，UCA1、CASC9、DLEU1等，lncRNA通过调控转录翻译促进ESCC的发生发展，并可以作为ESCC的诊断治疗潜在靶点［11-14］；但lncRNA与ESCC预后关系尚不明确。本研究基于癌症基因组图谱（the cancer genome at⁃las，TCGA）数据库食管癌转录组基因表达谱，分析ESCC组织与正常食管上皮组织lncRNA表达差异，并构建ESCC预后风险模型，旨在预测ESCC患者预后，寻找ESCC潜在生物标记物，指导ESCC临床诊治。

1 材料与方法

1.1 数据下载整理

从TCGA数 据 库（https：//cancergenome.nih.gov/）下载食管癌基因表达数据及临床资料。剔除病理类型为腺癌的病例，剔除生存时间小于30 d的病例，数据集包含基因转录表达数据样本90例，80例为ESCC组织样本，10例为癌旁正常组织样本，进一步提取数据得到食管鳞癌lncRNA表达矩阵。数据采集时间为2021年1月16日。

1.2 差异基因筛选

采用R 4.0.3软件limma包对lncRNA表达矩阵进行差异基因筛选，并设定错误发现率（false dis⁃covery rate，FDR）<0.05和log2|fold change|>1作为临界值，得到ESCC与正常食管组织表达差异的lncRNA。并使用pheatmap包和ggplot2包绘制差异基因热图及火山图。……