锦绣龙虾全长转录组测序分析

周钱森，任宪云，史鲲鹏，于振兴，刘 萍，李 健

（1.水产科学国家级实验教学示范中心（上海海洋大学），上海 201306；2.中国水产科学研究院黄海水产研究所，农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室，青岛 266071；3.青岛海洋科学与技术试点国家实验室，海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室，青岛 266071）

随着高通量测序技术的发展，转录组测序在基因表达水平分析和差异表达分析、新基因的挖掘、寻找单核苷酸多态性及应用、基因功能注释等方面都有所应用，在生物研究中发挥重要作用［1］。目前为止，大多数转录组测序研究利用以illumina平台为代表的二代测序技术，其测序长度远远低于真核生物RNA长度［2－4］。以PacBio平台为代表的第三代测序技术因其强大的读长优势，有效地解决了二代测序技术由于读长限制引起拼接不完整的问题［5］。PacBio平台单分子实时测序技术，又称SMRT（single molecule realtime）测序，SMRT cell可以在高GC含量区域完全跨过，确保序列的均匀覆盖度，并且DNA建库过程中，不需要进行PCR扩增，避免了PCR冗余和覆盖度不均一的问题，数据精准度可以达到99.9%［6－7］。PacBio SMRT测序借助其诸多优势，近些年在水产领域研究中得到广泛应用，张金勇等［8］对金乌贼（Sepiaesculenta）采用全长转录组测序获得高质量的生物学数据信息，筛选SSR位点并分析了其分布及组成特征。孔啸兰等［9］通过对竹筴鱼（Trachurusjaponicus）高通量测序，筛选获得27个具有多态性的微卫星标记，利用一个竹筴鱼群体对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价。ZHANG等［10］通过三代与二代测序技术相结合挖掘施氏鲟（Acipenserschrenckii）性腺中早期配子发生的相关基因，更好地了解其生殖调控机制。……