基于TCGA数据库的胃癌预后miRNAs筛选及预后评估模型构建

代孟祝 (四川大学华西广安医院消化内科，四川 广安 638500)

胃癌是一种常见的消化道恶性肿瘤。我国是胃癌高发国家，据统计2015年我国胃癌发病人数仅次于肺癌，同时胃癌相关死亡人数在所有恶性肿瘤中高居第三位，且胃癌的发病率仍呈现上升趋势[1]。近年来，随着诊断和治疗技术的发展，我国胃癌早期发现率显著提高，预后有明显改善，且晚期胃癌的预后仍较差，5年生存率不到10%[2-4]。小RNA(microRNA，miRNA)是一类长度为18～25碱基的短链非编码RNA，尽管miRNA不编码蛋白，但成熟的miRNA可以与mRNA的3′UTR区结合，在转录后水平抑制靶基因的表达，研究表明miRNA表达异常与癌症发生发展相关[5]，因此miRNA具有潜在的诊断和预测价值。基于miRNA表达谱的系统性标志物筛选对胃癌发病机理、治疗靶点开发和预后评估具有重要意义。目前关于胃癌预后miRNA的系统性研究较少，本研究基于癌症基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中公开的胃癌miRNA表达数据，提取临床信息，利用Cox回归分析筛选胃癌预后相关miRNAs，并构建预后风险评分模型，同时对预后miRNA进行功能分析，揭示miRNA在胃癌中的调控作用和预后风险评估中的应用价值。

1 资料与方法

1.1数据下载与处理：利用R(version 4.0.0)中RTCGA包下载TCGA数据库中胃腺癌(Stomach adenocarcinoma，STAD)的miRNA数据，提取RNA表达矩阵和患者临床资料，该数据包括41例正常组织样本和436例胃癌样本。对提取的表达矩阵依次过滤0值和低表达miRNA，去除正常组织样本和临床信息不完整的胃癌样本，最后对表达数据进行标准化和Log2转换，获得389个胃癌样本的618个miRNA表达矩阵用于后续分析。……