基于miRNA-mRNA调控关系对与Cox回归模型的宫颈鳞状细胞癌预后生物标志物综合分析

李元幸，牛晓辰，常晶晶，雒海瑕，王伟

宫颈癌是第二大导致女性死亡的癌症[1]，宫颈鳞状细胞癌（cervical squamous carcinoma，CESC）是最常见的临床病理类型。尽管近年来宫颈癌的预防和诊治都有了长足发展，但短期内预防措施覆盖面有限，诊治水平也受地域局限[2]，宫颈癌的预后仍然不容乐观，其5 年总生存率反呈下降趋势[3]。因此，探索宫颈癌的分子机制，寻找与宫颈癌预后相关的潜在生物标志物和治疗靶标仍然是临床的重要工作目标。

高通量测序的快速发展使各类基因生物标志物应用于临床成为可能。微小RNA（microRNA，miRNA）是一种小的非编码RNA，可以调节多种信使RNA（messenger RNA，mRNA）的表达，从而影响各种细胞生物学行为，包括转录、修饰、染色体重塑和信号传导等。越来越多的证据表明，miRNA 和mRNA 的异常表达与多种癌症的发生、发展有关，并且可能成为癌症的预后生物标志物和治疗靶标[4-5]。然而，目前miRNA 与mRNA 在宫颈鳞癌中的研究还较为有限。随着生物信息学研究技术的发展，现可通过网络公开的癌症数据库信息来辅助筛选并验证各类调控分子在癌症中的遗传信息[6]。癌症和肿瘤基因图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）计划是一种涵盖多中心肿瘤基因数据的大型在线数据库。本研究通过TCGA 数据库中CESC 的相关样本数据，探讨miRNA 与mRNA 的相互作用关系，即miRNAmRNA 关系对，为将来CESC 分子机制、预后标志物和治疗靶点的研究奠定基础。

1 资料与方法

1.1 数据获取与整理通过TCGA 数据库（https://portal.gdc.cancer.gov/）下载CESC 的3 级mRNA 与miRNA 测序信息和临床数据。利用perl 语言（perl 5.30.2，https://www.perl.org/）完成数据的提取与合并，整理为R 语言可识别的矩阵文件。……