基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌转录因子、融合基因及RNA编辑事件的鉴定

许雅静, 吴 鹰, 余岢骏, 孙明会, 刘佳美, 郭意龙, 徐细建,鲍佳益, 康育欣, 陈大福,2, 郭 睿,2,*, 付中民,2,*

(1.福建农林大学动物科学学院(蜂学学院), 福州 350002; 2.福建农林大学蜂疗研究所, 福州 350002;3.江西省养蜂研究所, 南昌 330000)

蜜蜂球囊菌Ascosphaeraapis专性侵染蜜蜂幼虫而引发白垩病，该病可导致蜂群群势和生产力的急剧下降，给养蜂业造成较大损失(郭睿等, 2017a)。此前，由于参考基因组的长期缺失，蜜蜂球囊菌的组学和分子生物学研究举步维艰。Shang等(2016)利用二代测序技术测序和组装了蜜蜂球囊菌的参考基因组，并公布了完整的基因序列和功能注释，为其分子生物学和组学研究奠定了基础。笔者所在团队前期利用Illumina测序技术对蜜蜂球囊菌开展了较为系统的转录组研究(陈大福等, 2017; 郭睿等, 2017b; 张曌楠等, 2017)。

转录因子(transcription factor, TF)是指能直接或间接与真核生物基因的启动子区域中的顺式作用元件发生特异性相互作用，从而抑制或激活基因表达的一种DNA结合蛋白。作为转录水平调控基因表达的主要方式，TF可根据细胞类型、发育阶段和疾病状态来调节转录起始(Fengetal., 2020; Kimetal., 2020)。同时转录因子是由多个基因家族编码，大大增加了它们的数量并使转录调控机制复杂化，Lamber等(2018)根据DNA结合区的特征将TF分为71个家族。所谓融合基因(fusion gene)，是指将两个或多个基因的编码区首尾相连并置于同一套调控序列控制之下，从而构成的嵌合基因。基因融合可通过转录介导来实现，例如相邻基因的反式或顺式剪接、读取，其中顺式剪接发生在相同的前体mRNA分子内，而反式剪接可使两个单独的前体mRNA分子形成嵌合的非共线RNA，该RNA可以编码新蛋白质或充当非编码或调控RNA(Leietal., 2016)，也被称为转录衍生基因融合；……